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Yorodumi- PDB-3s3x: Structure of chicken acid-sensing ion channel 1 AT 3.0 A resoluti... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s3x | ||||||
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Title | Structure of chicken acid-sensing ion channel 1 AT 3.0 A resolution in complex with psalmotoxin | ||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / ACID-SENSING / ION CHANNEL / SODIUM CHANNEL / CELL MEMBRANE / GLYCOPROTEIN / ION TRANSPORT / MEMBRANE / SODIUM TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN / TOXIN / CYSTEINE KNOT | ||||||
Function / homology | Function and homology information pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / ion channel regulator activity / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / toxin activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) Psalmopoeus cambridgei (Trinidad chevron tarantula) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.99 Å | ||||||
Authors | Dawson, R.J.P. / Benz, J. / Stohler, P. / Tetaz, T. / Joseph, C. / Huber, S. / Schmid, G. / Huegin, D. / Pflimlin, P. / Trube, G. ...Dawson, R.J.P. / Benz, J. / Stohler, P. / Tetaz, T. / Joseph, C. / Huber, S. / Schmid, G. / Huegin, D. / Pflimlin, P. / Trube, G. / Rudolph, M.G. / Hennig, M. / Ruf, A. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2012 Title: Structure of the Acid-sensing ion channel 1 in complex with the gating modifier Psalmotoxin 1. Authors: Dawson, R.J. / Benz, J. / Stohler, P. / Tetaz, T. / Joseph, C. / Huber, S. / Schmid, G. / Hugin, D. / Pflimlin, P. / Trube, G. / Rudolph, M.G. / Hennig, M. / Ruf, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3s3x.cif.gz | 550.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3s3x.ent.gz | 458.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3s3x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3s3x_validation.pdf.gz | 524.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3s3x_full_validation.pdf.gz | 554.9 KB | Display | |
Data in XML | 3s3x_validation.xml.gz | 49 KB | Display | |
Data in CIF | 3s3x_validation.cif.gz | 64.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3s3wSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-Protein / Protein/peptide / Sugars , 3 types, 12 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 52622.848 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: sequence database residues 26-463 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: ACCN2, ASIC1 / Cell line (production host): SF9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q1XA76 #2: Protein/peptide | Mass: 4346.115 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic peptide Source: (synth.) Psalmopoeus cambridgei (Trinidad chevron tarantula) References: UniProt: P60514 #3: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 4 types, 18 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.11 Å3/Da / Density % sol: 70.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 286 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1M sodium acetate pH 5.5, 3 % Glycerol, 3% 1,6-hexanediol, 11 % PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 17, 2010 | |||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3→49.03 Å / Num. obs: 55842 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.38 % / Rmerge(I) obs: 0.1083 / Rsym value: 0.1083 / Net I/σ(I): 8.51 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 3→3.1 Å / Redundancy: 3.53 % / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Rsym value: 0.725 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3S3W Resolution: 2.99→29.915 Å / SU ML: 1.01 / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.431 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.99→29.915 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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