PDB-3s3l: Crystal Structure of CerJ from Streptomyces tendae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s3l

タイトル

Crystal Structure of CerJ from Streptomyces tendae

要素

CerJ

キーワード

TRANSFERASE / Acyltransferase / FabH homologue / KS III homologue / Dimethyl malonyl transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces tendae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zocher, G. / Hertweck, C. / Bretschneider, T. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: A ketosynthase homolog uses malonyl units to form esters in cervimycin biosynthesis.
著者: Bretschneider, T. / Zocher, G. / Unger, M. / Scherlach, K. / Stehle, T. / Hertweck, C.

履歴

登録	2011年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s3l.cif.gz	273.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s3l.ent.gz	224.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s3l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/3s3l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t5yC 3t6sC 3t8eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t6s-d 2bz3-1 3t5y-d 1fj4-1 1g5x-1 4ewg-d 4r43-d 2vb9-1 2byy-2 2aqb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CerJ

B: CerJ

ヘテロ分子

75.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.410, 105.410, 120.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	CerJ 分子量: 37572.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces tendae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2L2M1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 22.5% PEG 4000, 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 200 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.000, 1.700, 0.950

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日

放射

モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.7	1
3	0.95	1

反射

最低解像度: 30 Å / Num. all: 43327 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 30.4

反射シェル

解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→29.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 8.162 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20843	1854	4 %	RANDOM
R_work	0.16222	-	-	-
obs	0.16409	44481	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.326 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.82 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5034	0	20	414	5468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.524	1.96	7066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.934	3	8204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.014	5	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.764	22.546	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.568	15	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.111	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.958	3.5	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.868	3.5	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.644	4	5374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.957	5	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.981	5	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	135	-
R_work	0.207	3234	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6441	0.1831	0.1384	0.8587	-0.1212	0.8668	0.0267	-0.0177	-0.0514	0.0105	0.0046	0.0094	0.0524	-0.0276	-0.0313	0.0058	-0.0003	-0.0002	0.0027	0.0046	0.0092	20.1096	7.1443	-26.3067
2	0.5069	0.0087	0.1107	0.9573	-0.1967	0.9759	0.0288	-0.0507	0.1434	0.1326	-0.0224	-0.0485	-0.1551	0.0701	-0.0064	0.0511	-0.0102	0.0193	0.0162	-0.0106	0.0565	28.7812	34.3386	-25.5729
3	4.6332	-17.9664	-7.9195	70.2948	31.1288	13.8178	0.0173	0.102	-0.1294	-0.054	-0.1829	0.4303	-0.0225	-0.0342	0.1656	0.1794	0.0366	0.0552	0.1491	0.0385	0.0787	15.9976	23.8281	-39.4373
4	0.2791	0.2165	-0.0629	0.8209	-0.1116	0.33	0.0135	0.0204	0.0113	-0.0132	0.0064	0.0344	-0.006	-0.0036	-0.0199	0.0359	0.0191	0.0119	0.0763	0.0062	0.0639	21.7807	18.8669	-31.1081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 342
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 342
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 402
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	358 - 359
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	358 - 359
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	360 - 400
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	403 - 588
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	360 - 400
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	403 - 548

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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