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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s21 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cerulenin bound Xanthomonas campestri OleA (co-crystal) | ||||||
要素 | 3-oxoacyl-[ACP] synthase III | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Non-decarboxylative Claisen Condensation Reaction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7001 Å | ||||||
データ登録者 | Goblirsch, B.R. / Wilmot, C.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Crystal Structures of Xanthomonas campestris OleA Reveal Features That Promote Head-to-Head Condensation of Two Long-Chain Fatty Acids. 著者: Goblirsch, B.R. / Frias, J.A. / Wackett, L.P. / Wilmot, C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3s21.cif.gz | 150.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3s21.ent.gz | 116.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3s21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3s21_validation.pdf.gz | 452.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3s21_full_validation.pdf.gz | 455.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3s21_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3s21_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/3s21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/3s21 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37419.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 遺伝子: fabH, XCC0212 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PDX2 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CER / ( | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 16% PEG 4000, 80 mM manganese chloride, 100 mM MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 36644 / Num. obs: 36296 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 44.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ROW 解像度: 1.7001→27.635 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.003 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7001→27.635 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 48.2951 Å / Origin y: 0.9646 Å / Origin z: -3.5817 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain 'A' |