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- PDB-3s0x: The crystal structure of GxGD membrane protease FlaK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s0x
タイトルThe crystal structure of GxGD membrane protease FlaK
要素Peptidase A24B, FlaK domain protein
キーワードHYDROLASE / Preflagellin Peptidase / GxGD Protease / Aspartyl Protease / intramembrane proteolysis / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


preflagellin peptidase / membrane => GO:0016020 / aspartic-type endopeptidase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1220 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3240 / Prepilin type IV endopeptidase, peptidase domain / Preflagellin peptidase, C-terminal / Type IV leader peptidase family / Archaeal Peptidase A24 C-terminus Type II / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helix non-globular / Special ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1220 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3240 / Prepilin type IV endopeptidase, peptidase domain / Preflagellin peptidase, C-terminal / Type IV leader peptidase family / Archaeal Peptidase A24 C-terminus Type II / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Preflagellin peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Hu, J. / Xue, Y. / Ha, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of GXGD membrane protease FlaK.
著者: Hu, J. / Xue, Y. / Lee, S. / Ha, Y.
履歴
登録2011年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase A24B, FlaK domain protein
B: Peptidase A24B, FlaK domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1532
ポリマ－54,1532
非ポリマー00
水00
1
A: Peptidase A24B, FlaK domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0761
ポリマ－27,0761
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidase A24B, FlaK domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0761
ポリマ－27,0761
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_575-x+1/2,-y+2,z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)70.895, 99.715, 118.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidase A24B, FlaK domain protein


分子量: 27076.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌)
遺伝子: MmarC6_0338 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A9A677

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.5
詳細: 30% PEG300 50 mM glycine 100 mM NaCl, pH 9.5, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月12日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→40 Å / Num. obs: 10106 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
SHELXS位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.6→38.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.858 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / SU B: 71.697 / SU ML: 0.504 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.716 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32713 1008 10.3 %RANDOM
Rwork0.26984 ---
obs0.27602 8737 96.9 %-
all-10106 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.997 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.96 Å20 Å20 Å2
2---6.33 Å20 Å2
3----8.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→38.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2918 0 0 0 2918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223004
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6111.9614093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.2625405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12222.89283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.2715417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.006155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it19.0021.52033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it25.26223222
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it33.9243971
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it43.0694.5871
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 59 -
Rwork0.292 500 -
obs--92.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26360.38890.85720.49030.90963.43230.01750.0237-0.06850.0515-0.0058-0.06180.09310.0154-0.01170.1885-0.01430.0270.10150.00240.210311.030396.194342.3174
20.8356-1.22030.35828.45340.8032.20130.00240.0003-0.00220.1122-0.059-0.34320.17920.06480.05660.04350.0047-0.020.1497-0.04160.340110.40967.983725.9372
30.47840.3913-0.55490.95670.51362.8970.13390.13710.14440.10790.04490.1944-0.08080.0849-0.17870.1150.0308-0.00320.23230.03390.267715.454198.830310.8932
412.8429-9.97374.1457.8114-2.61911.90480.0123-1.4371-0.40950.06231.28730.15740.26480.583-1.29950.063-0.0606-0.12360.5584-0.08060.504533.09789.566131.3043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A498 - 623
2X-RAY DIFFRACTION1A705 - 728
3X-RAY DIFFRACTION2A624 - 704
4X-RAY DIFFRACTION3B498 - 623
5X-RAY DIFFRACTION3B705 - 728
6X-RAY DIFFRACTION4B624 - 704

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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