ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB SCALA3.3.1データスケーリング Show REFMAC5.5.0072精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.937 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.896 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.3 / SU B : 20.11 / SU ML : 0.207 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.726 / ESU R Free : 0.306 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLYRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2533 624 4.9 % RANDOM Rwork 0.1932 - - - obs 0.1959 12850 99 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 79.21 Å2 / Biso mean : 46.019 Å2 / Biso min : 2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.72 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.72 Å2 0 Å2 3- - - -1.44 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.5→30 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2504 0 15 89 2608
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.013 0.022 2705 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.453 1.96 3679 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.305 5 341 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg36.715 24.667 135 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg17.175 15 486 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg22.415 15 20 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.092 0.2 410 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.021 2086 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.826 1.5 1668 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.574 2 2728 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.159 3 1037 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.684 4.5 951
LS精密化 シェル 解像度 : 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.376 40 - Rwork 0.232 874 - all - 914 - obs - - 98.81 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 2.7998 0.4722 0.4104 1.7083 0.0509 1.1026 -0.2615 -0.0031 0.1683 -0.0827 0.2268 0.1641 0.0373 -0.1849 0.0347 0.2039 0.0338 0.0127 0.1592 -0.0021 0.0461 12.109 39.859 23.753 2 2.6338 0.7791 -0.4182 1.7756 0.7529 1.4355 -0.2661 0.0635 -0.5914 0.0132 0.2638 -0.5123 0.3518 0.0861 0.0023 0.241 0.0556 0.0639 0.1444 -0.0605 0.2208 24.094 27.788 23.158
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A93 - 251 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B94 - 251