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- PDB-3rz3: Human Cdc34 E2 in complex with CC0651 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rz3
タイトルHuman Cdc34 E2 in complex with CC0651 inhibitor
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / ubiquitin conjugating enzyme domain / E2 domain / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of inclusion body assembly / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / response to growth factor / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / DNA replication initiation / protein K48-linked ubiquitination / cellular response to interferon-beta / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / protein modification process ...positive regulation of inclusion body assembly / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / response to growth factor / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / DNA replication initiation / protein K48-linked ubiquitination / cellular response to interferon-beta / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / protein modification process / CLEC7A (Dectin-1) signaling / G1/S transition of mitotic cell cycle / FCERI mediated NF-kB activation / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / protein ubiquitination / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U94 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ceccarelli, D.F. / Webb, D.R. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: An allosteric inhibitor of the human cdc34 ubiquitin conjugating enzyme
著者: Ceccarelli, D.F. / Tang, X. / Pelletier, B. / Orlicky, S. / Xie, W. / Plantevin, V. / Neculai, D. / Chou, Y.C. / Ogunjimi, A. / Al-Hakim, A. / Varelas, X. / Koszela, J. / Wasney, G.A. / ...著者: Ceccarelli, D.F. / Tang, X. / Pelletier, B. / Orlicky, S. / Xie, W. / Plantevin, V. / Neculai, D. / Chou, Y.C. / Ogunjimi, A. / Al-Hakim, A. / Varelas, X. / Koszela, J. / Wasney, G.A. / Vedadi, M. / Dhe-Paganon, S. / Cox, S. / Xu, S. / Lopez-Girona, A. / Mercurio, F. / Wrana, J. / Durocher, D. / Meloche, S. / Webb, D.R. / Tyers, M. / Sicheri, F.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8078
ポリマ－83,0384
非ポリマー1,7694
水1,31573
1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2022
ポリマ－20,7591
非ポリマー4421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2022
ポリマ－20,7591
非ポリマー4421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2022
ポリマ－20,7591
非ポリマー4421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2022
ポリマ－20,7591
非ポリマー4421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.797, 139.525, 216.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-32 kDa complementing / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-CDC34 / ...Ubiquitin-conjugating enzyme E2-32 kDa complementing / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-CDC34 / Ubiquitin-protein ligase R1


分子量: 20759.494 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 7-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC34, UBCH3, UBE2R1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49427, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物
ChemComp-U94 / 4,5-dideoxy-5-(3',5'-dichlorobiphenyl-4-yl)-4-[(methoxyacetyl)amino]-L-arabinonic acid / CC-0651


分子量: 442.290 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21Cl2NO6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.5M NaH2PO4, 1.6M K2HPO4, 0.1 M Imidazole, 0.2 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月27日
放射モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 37318 / Num. obs: 32630 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.2-2.28147.6
2.28-2.37165.7
2.37-2.48178.6
2.48-2.61184.4
4.73-30184.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2OB4

2ob4


解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 14.26 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25821 1744 5.1 %RANDOM
Rwork0.22088 ---
obs0.22278 32630 84.17 %-
all-53182 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.36 Å20 Å20 Å2
2--2.93 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4853 0 116 73 5042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0225107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0811.9766993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.065622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64623.396212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.6815704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2051529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1811.53147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18125050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74231960
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4264.51943
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 96 -
Rwork0.298 1897 -
obs--67.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00481.11520.51030.99760.28560.83690.0925-0.10190.12290.081-0.03720.0862-0.0161-0.0848-0.05540.374-0.0312-0.00850.19910.00650.30759.12-33.831-32.89
23.7403-0.5683-1.00920.03530.62452.42220.0872-0.24160.0944-0.0112-0.0197-0.1052-0.1002-0.0694-0.06750.38010.00250.0250.16070.00380.3637-8.777-14.128-53.169
31.68651.1684-1.46811.0519-0.37563.22190.09730.1990.02770.18610.02820.0224-0.307-0.1021-0.12550.5252-0.09350.03490.180.00820.2783-24.188-50.698-11.408
40.5470.3728-0.88321.98820.4582.159-0.20760.1056-0.0632-0.18030.2595-0.019-0.0053-0.0858-0.05190.5757-0.0450.05570.15770.02160.2771-31.9826.822-20.128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4D13 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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