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- PDB-3ryl: Dimerization domain of Vibrio parahemolyticus VopL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ryl
タイトルDimerization domain of Vibrio parahemolyticus VopL
要素protein VPA1370
キーワードPROTEIN BINDING / Actin nucleation / Filament pointed end binding / Type III Secretion System (T3SS) protein
機能・相同性
機能・相同性情報


actin binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #170 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1210 / : / : / VopL C-terminal dimerization domain / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / WH2 motif / WH2 domain / WH2 domain profile. ...Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #170 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1210 / : / : / VopL C-terminal dimerization domain / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / WH2 motif / WH2 domain / WH2 domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
WH2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Namgoong, S. / Dominguez, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Mechanism of actin filament nucleation by Vibrio VopL and implications for tandem W domain nucleation.
著者: Namgoong, S. / Boczkowska, M. / Glista, M.J. / Winkelman, J.D. / Rebowski, G. / Kovar, D.R. / Dominguez, R.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein VPA1370
B: protein VPA1370


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1292
ポリマ－54,1292
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.930, 90.490, 101.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 protein VPA1370 / actin filament pointed end-binding domain


分子量: 27064.623 Da / 分子数: 2 / 断片: VopL dimerization domain (UNP residues 247-484) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VopL, VPA1370 / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87GE5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 13-15% PEG3350, 0.2 M sodium fluoride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9772
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月29日 / 詳細: Bent, triangular Si(111) monochromator crystal
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→67.65 Å / Num. all: 10025 / Num. obs: 10025 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 32.75 % / Biso Wilson estimate: 107.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1224 / Rsym value: 0.1224 / Net I/σ(I): 20.56
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 34.86 % / Rmerge(I) obs: 0.4257 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 897 / Rsym value: 0.4257 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→67.65 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2936 975 9.98 %RANDOM
Rwork0.2403 ---
all0.2459 9773 --
obs0.2459 9773 97.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 118.768 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 149.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9409 Å20 Å2-0 Å2
2--6.7217 Å20 Å2
3----11.428 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→67.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3484 0 0 0 3484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5124750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6091322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005620
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.1003-3.26380.37111190.31631131125090
3.2638-3.46820.39331380.2971215135396
3.4682-3.7360.29631370.29831235137298
3.736-4.11190.27791430.24321273141699
4.1119-4.70680.2751420.213412791421100
4.7068-5.92950.31541440.256613051449100
5.9295-67.66640.27671520.21481360151299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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