PDB-3rxy: Crystal structure of NIF3 superfamily protein from Sphaerobacter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rxy

タイトル

Crystal structure of NIF3 superfamily protein from Sphaerobacter thermophilus

要素

NIF3 protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / NIF3 superfamily

機能・相同性

DUF34/NIF3 superfamily / ACETATE ION / FORMIC ACID / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Michalska, K. / Tesar, C. / Clancy, S. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of NIF3 superfamily protein from Sphaerobacter thermophilus
著者: Michalska, K. / Tesar, C. / Clancy, S. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rxy.cif.gz	631.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rxy.ent.gz	529.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/3rxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/3rxy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5a9j-3 5a9f-d 5a9j-4 7lsi-d 5aga-d 5vzx-d 5b4m-d 2awn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100731

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NIF3 protein

B: NIF3 protein

C: NIF3 protein

D: NIF3 protein

E: NIF3 protein

F: NIF3 protein

ヘテロ分子

182 kDa, 6 ポリマー
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1

A: NIF3 protein

E: NIF3 protein

F: NIF3 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
91.2 kDa, 3 ポリマー
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2

B: NIF3 protein

C: NIF3 protein

D: NIF3 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
91.2 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	187.770, 96.483, 128.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	NIF3 protein 分子量: 30238.973 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア) 株: DSM 20745 / 遺伝子: Sthe_0840 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: D1C210
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, 3.5 M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97903 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 139620 / Num. obs: 138727 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 13.13
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique all: 6951 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: different crystal form of the same protein solved by SAD

解像度: 2→38.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9219 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9099 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2317	1373	0.99 %	thin resolution shells
R_work	0.2091	-	-	-
all	0.2093	138722	-	-
obs	0.2093	138722	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2197 Å²	0 Å²	2.6551 Å²
2-	-	3.3683 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.1486 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.257 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12382	0	53	691	13126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.014	12650	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.15	17166	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5901	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		295	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1897	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		12650	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.57
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.7
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1680	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		15517	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2552	68	0.68 %
R_work	0.2054	9908	-
all	0.2057	9976	-
obs	-	9976	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5491	0.0032	0.6707	1.2153	-0.1923	1.102	0.0581	0.2056	-0.1173	0.0249	-0.0346	-0.2373	-0.0118	0.1884	-0.0235	-0.0837	0.0139	-0.031	-0.0522	-0.0169	0.0668	28.1627	-53.7604	54.1627
2	1.3493	0.0999	0.0124	0.8809	0.4258	0.6499	0.0996	-0.1196	-0.1866	0.1355	-0.0229	-0.019	0.1017	-0.0191	-0.0767	-0.0338	-0.0055	-0.0471	-0.0815	0.047	0.0752	15.1084	-58.2114	64.2234
3	3.109	0.5208	-0.3419	1.1951	-1.1961	-0.9843	-0.0754	-0.1926	-0.0541	0.1362	-0.0171	-0.2082	0.0339	0.1083	0.0924	-0.0121	-0.0024	-0.0965	-0.0939	0.0424	0.0127	26.379	-44.8623	74.7223
4	1.8778	0.645	0.2217	1.365	0.114	0.9933	0.0357	-0.3077	0.193	0.3254	-0.0728	-0.0451	-0.0567	-0.0921	0.0372	0.0128	0.0011	-0.036	-0.0325	-0.0322	0.0152	18.1467	-36.5712	77.3026
5	0.604	0.4379	0.2266	3.1004	-0.4851	2.1891	-0.0044	-0.1853	0.0033	0.2686	-0.1262	0.3515	0.0258	-0.3854	0.1306	-0.0765	-0.0346	0.0292	0.0083	-0.0068	-0.0109	7.4395	-44.2334	77.2114
6	1.1763	-0.6235	2.1601	1.5528	0.406	2.081	0.0558	0.1377	-0.0028	0.232	-0.0758	-0.2989	-0.043	0.2142	0.0199	-0.046	-0.0304	-0.0527	-0.0805	0.0213	0.0847	30.2361	-43.574	58.6889
7	1.1839	0.5359	1.0682	1.348	0.1591	0.8233	-0.0656	0.2653	0.0013	-0.2783	0.0163	0.0139	-0.1167	0.2802	0.0492	0.0836	-0.0182	-0.0659	-0.0304	0.0055	-0.1041	-43.9161	-39.4155	-10.8892
8	1.1375	0.6045	-0.3664	1.6732	-0.399	1.7758	-0.0454	0.0308	0.1191	-0.1796	-0.0474	0.1095	-0.2707	-0.1086	0.0928	0.0681	0.0552	-0.1138	-0.0825	-0.0402	-0.0357	-56.3172	-35.4582	3.6256
9	0.9302	0.4981	0.6332	1.1834	0.1854	0.8104	-0.0933	0.0109	0.1105	-0.0218	0.0065	0.1051	-0.0931	-0.0498	0.0868	0.0875	0.0275	-0.0917	-0.107	0.0122	-0.0733	-49.3547	-34.4837	5.4826
10	0.0922	0.3946	-0.0252	1.6992	0.0176	2.7278	0.0692	0.0224	-0.0845	-0.1437	-0.0609	0.1801	-0.0752	-0.4064	-0.0083	0.0122	0.0454	-0.1222	-0.0306	-0.0076	0.0212	-67.7568	-50.2827	-3.4569
11	0.6517	0.1164	0.5338	2.1128	0.3502	1.3422	0.0506	-0.1705	0.0061	0.0383	-0.0456	0.3004	0.0432	-0.2124	-0.0049	0.001	-0.0197	-0.053	-0.0652	-0.0044	-0.0423	-64.3746	-53.0387	7.026
12	1.697	0.6576	-1.9733	2.4718	0.5279	0.7933	-0.0119	-0.1285	0.0189	0.1449	0.0197	0.0153	-0.0242	-0.0775	-0.0078	0.0308	0.0296	-0.0189	0.0327	0.0025	-0.0737	-61.7656	-51.7807	16.9768
13	2.373	1.1965	1.2653	1.646	-0.3967	0.803	-0.002	0.251	-0.0587	-0.3511	-0.0286	0.2815	-0.0295	0.117	0.0305	0.091	0.0222	-0.071	-0.0735	-0.0447	-0.0425	-48.9942	-49.0473	-10.6273
14	0.9851	-0.1608	0.6174	1.3366	-0.4021	1.0089	0.1476	0.1922	-0.207	-0.3431	-0.0271	-0.2344	0.2404	0.2895	-0.1205	0.0754	0.0636	-0.0699	-0.078	-0.0589	-0.0142	-28.061	-65.5453	5.6427
15	0.4832	0.0988	-0.4409	1.0712	-0.0518	2.4051	0.0563	-0.1004	-0.074	-0.224	-0.0127	0.0939	0.2852	0.0898	-0.0436	0.0121	0.0212	-0.0933	-0.1219	0.0067	-0.0025	-38.4766	-64.3907	15.2421
16	0.7004	-0.1995	0.5421	0.6663	-0.3883	1.5326	0.0569	-0.0151	-0.1225	-0.0919	0.004	0.0345	0.1691	-0.028	-0.0609	0.0122	0.0137	-0.0711	-0.1195	-0.0153	0.0141	-38.0758	-63.497	19.1314
17	1.4334	-0.4573	0.4677	1.784	-0.792	2.9989	0.0968	-0.1937	0.0562	0.125	0.0731	-0.0868	-0.1045	0.0365	-0.1699	-0.0009	-0.0004	-0.0848	-0.0514	-0.0008	0.0012	-26.6929	-57.2455	35.7962
18	0.9071	1.1452	-0.7462	2.1056	1.8384	-0.9071	0.0163	-0.0388	-0.0762	0.0127	0.06	0.0222	0.0492	-0.025	-0.0763	0.0181	0.0266	-0.03	-0.0133	0.017	0.0248	-37.0371	-63.7449	31.4782
19	1.8777	0.3517	-0.2919	2.315	-0.1502	0.9429	0.0906	-0.0364	0.1212	-0.0044	-0.0598	0.0999	-0.0369	-0.2805	-0.0308	-0.0282	0.0037	-0.0549	-0.0085	0.0264	-0.0085	-42.3432	-60.1938	34.034
20	3.0834	0.8353	-0.9256	2.1269	0.559	1.2155	0.0069	0.0356	0.142	0.0622	-0.0578	0.1077	-0.2111	-0.0597	0.0509	0.0134	0.0384	-0.058	-0.0492	0.0383	-0.0403	-41.5969	-52.1782	34.7128
21	-0.5781	1.2165	1.0728	0.8805	-0.8798	1.9794	0.1898	-0.0141	-0.1592	-0.0309	-0.0446	-0.1977	0.0683	0.0943	-0.1452	0.0233	0.0574	-0.0732	-0.0275	-0.0176	0.0353	-21.6831	-63.0692	14.2828
22	0.9004	-0.7197	0.2676	1.1938	0.1174	1.0966	-0.1462	0.2787	0.0013	-0.0985	0.0128	-0.2513	-0.2115	0.3537	0.1335	0.0071	-0.0668	-0.0457	-0.0105	0.0488	-0.0287	-18.5391	-32.5853	11.0363
23	3.0115	-1.3187	1.2437	0.9706	-0.1707	1.1499	-0.1646	-0.3517	0.1108	0.1899	0.1516	-0.3064	-0.1403	-0.2677	0.013	0.0561	0.0357	-0.0708	-0.069	0.027	-0.0777	-30.4315	-31.7748	28.701
24	0.2349	-0.7277	0.6836	0.9738	0.0253	1.8588	-0.0598	0.0247	-0.0977	0.0015	0.0452	0.0028	-0.2105	-0.0576	0.0146	0.0037	-0.01	-0.0382	-0.0784	0.0086	-0.0161	-28.6135	-40.8599	22.8535
25	0.2443	0.7449	-0.6691	0.0025	0.7076	2.3597	-0.069	0.0748	0.0793	0.0071	0.0658	-0.1396	-0.1222	0.1172	0.0033	0.1342	-0.0201	-0.1312	-0.0727	0.0016	-0.0436	-31.7665	-16.4332	22.725
26	1.9638	-0.2428	-0.8028	2.4969	-0.0761	2.6916	-0.0968	0.0053	0.1404	0.1865	0.1252	0.0922	-0.3875	-0.2755	-0.0284	0.1104	0.0765	-0.1194	-0.0873	0.0344	-0.0867	-45.149	-14.7582	18.6028
27	0.4907	-0.4509	-0.1695	0.7311	0.2535	2.7687	-0.0889	-0.214	-0.0476	0.1789	0.0825	0.1393	-0.2079	-0.3515	0.0064	0.0802	0.085	-0.0432	-0.0296	0.0312	-0.1009	-45.3146	-25.6828	27.9206
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30	1.1702	0.1625	0.1671	0.8362	0.4846	-0.0527	0.0227	0.019	-0.0975	-0.1174	0.0899	0.1431	-0.0473	-0.1285	-0.1126	-0.0534	0.0261	-0.0578	-0.0379	-0.0063	0.0578	-13.4199	-62.0105	45.8749
31	1.5454	0.619	-0.3528	1.1656	-0.8164	0.5486	0.0245	0.1146	-0.0547	-0.0614	0.0149	0.0115	-0.0477	-0.0154	-0.0394	-0.0135	0.0106	-0.0472	-0.045	-0.0139	-0.0046	-4.8193	-51.7314	42.2381
32	1.4266	-0.5454	-0.1146	0.0156	0.8087	0.283	0.125	0.1319	-0.273	-0.09	0.0048	0.1017	0.0029	0.1339	-0.1298	-0.064	0.0067	-0.0762	-0.0821	-0.0296	0.1494	-4.8025	-76.2667	45.5721
33	2.8672	-0.4949	-0.4963	2.4244	0.8182	2.2122	0.0451	-0.1778	-0.5056	0.2207	0.072	0.1248	0.1283	0.0144	-0.1171	-0.0704	0.0285	-0.0899	-0.1095	0.0554	0.0928	0.9122	-78.1804	58.2591
34	1.9468	-0.2036	0.1448	1.5233	-0.2642	1.233	-0.0694	-0.3584	-0.229	0.2824	0.1046	0.0432	-0.1174	-0.1151	-0.0352	-0.0701	0.0309	-0.0195	-0.037	0.0371	0.0337	-8.3626	-67.3727	59.7052
35	0.5262	0.0982	0.2686	1.6534	-1.3203	0.2225	0.1361	0.2653	-0.3294	-0.2743	0.0093	0.0728	0.0421	0.1713	-0.1454	-0.0267	0.046	-0.0682	-0.0534	-0.068	0.0937	8.0796	-68.4781	37.3793
36	1.4642	-3.7185	0.9175	1.8418	1.0734	0.5901	0.0022	0.1297	0.0538	-0.1529	-0.1857	-0.0787	-0.1675	0.2044	0.1835	0.0229	-0.0496	-0.0493	-0.1	0.079	0.0641	9.1887	-19.445	38.3154
37	2.1187	-0.5161	0.3211	0.486	-0.1639	2.7062	-0.2075	0.2618	0.3417	-0.2881	-0.0339	-0.2076	-0.23	0.2363	0.2414	-0.0406	-0.0578	-0.0465	-0.0962	0.0569	0.1116	11.3564	-22.9011	44.4601
38	1.7386	-0.4635	1.2691	1.4075	1.7958	0.811	0.1024	0.1768	-0.0861	-0.1828	-0.0037	-0.2314	-0.0468	0.2011	-0.0987	-0.0328	-0.0015	0.0054	-0.0333	0.0157	0.0459	13.2971	-36.839	36.9369
39	0.8923	0.5578	-0.6374	0.5466	-0.4453	0.0151	-0.0035	-0.0794	0.2436	0.0727	-0.0098	-0.1533	-0.048	0.0186	0.0133	-0.0159	0.0008	-0.0643	-0.0445	-0.0139	0.0408	0.4156	-27.114	56.0629
40	1.7146	-0.0051	-0.4098	0.0713	0.1519	0.8992	0.0459	-0.1587	0.2212	0.0497	-0.0146	-0.1392	-0.0072	0.0667	-0.0312	-0.0073	-0.0096	-0.0348	-0.0769	0.0135	0.0493	7.2559	-32.5402	56.2144
41	1.8772	1.123	-0.1357	0.6057	-0.0586	1.2449	0.0595	0.1384	0.2219	0.0268	0.0088	-0.0071	-0.1812	-0.0644	-0.0682	0.0232	0.029	-0.032	-0.0867	0.0324	0.0205	-14.7576	-23.3884	44.6828
42	3.1749	-0.8268	-0.4315	0.9257	-0.5462	0.7856	-0.0551	0.1567	-0.0759	-0.0625	0.015	0.059	0.0094	-0.1056	0.0401	0.0041	0.0024	-0.0591	-0.0192	-0.022	-0.0005	-18.7846	-35.3828	42.8095
43	-0.6795	1.9071	0.6522	1.1582	-0.3348	0.7675	0.0097	0.0149	-0.0148	0.0512	-0.0378	-0.0522	-0.0618	-0.0114	0.0281	0.0065	-0.0033	-0.0187	-0.0163	-0.0162	0.0215	-13.1805	-28.9995	52.619
44	2.105	-1.1811	-0.7816	1.2333	0.0901	1.647	0.0437	-0.1976	0.0134	0.0677	-0.0794	-0.0279	0.0627	-0.0957	0.0357	-0.0352	-0.0049	-0.0246	0.0094	-0.0059	-0.0032	-14.9595	-32.6224	58.1332
45	1.0681	-0.0077	-0.4294	2.4555	0.0127	1.162	0.0283	-0.048	-0.2191	0.1456	-0.133	0.0053	0.0232	-0.0789	0.1047	0.0023	0.0013	-0.0371	-0.0411	0.0198	-0.014	-15.8847	-40.648	57.4438
46	1.5577	0.1127	-0.3128	0.4583	-0.115	-0.1851	-0.0262	0.1454	0.2208	-0.277	-0.032	0.0837	-0.0734	-0.1163	0.0582	0.0314	0.0116	-0.0357	-0.028	0.0327	0.0306	1.6731	-29.2043	35.1678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|0 - A\|73}	A	0 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|74 - A\|133}	A	74 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|134 - A\|152}	A	134 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|153 - A\|205}	A	153 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|206 - A\|246}	A	206 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|247 - A\|275}	A	247 - 275
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|0 - B\|62}	B	0 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|63 - B\|87}	B	63 - 87
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|88 - B\|133}	B	88 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|134 - B\|158}	B	134 - 158
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|159 - B\|227}	B	159 - 227
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|228 - B\|246}	B	228 - 246
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|247 - B\|275}	B	247 - 275
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|1 - C\|54}	C	1 - 54
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{C\|55 - C\|88}	C	55 - 88
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{C\|89 - C\|158}	C	89 - 158
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{C\|159 - C\|190}	C	159 - 190
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{C\|191 - C\|205}	C	191 - 205
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{C\|206 - C\|227}	C	206 - 227
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{C\|228 - C\|246}	C	228 - 246
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{C\|247 - C\|275}	C	247 - 275
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{D\|1 - D\|62}	D	1 - 62
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{D\|63 - D\|91}	D	63 - 91
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{D\|92 - D\|133}	D	92 - 133
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{D\|134 - D\|153}	D	134 - 153
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{D\|154 - D\|190}	D	154 - 190
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{D\|191 - D\|246}	D	191 - 246
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{D\|247 - D\|275}	D	247 - 275
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{E\|1 - E\|67}	E	1 - 67
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{E\|68 - E\|91}	E	68 - 91
31	X-RAY DIFFRACTION	31	{E\|92 - E\|133}	E	92 - 133
32	X-RAY DIFFRACTION	32	{E\|134 - E\|153}	E	134 - 153
33	X-RAY DIFFRACTION	33	{E\|154 - E\|190}	E	154 - 190
34	X-RAY DIFFRACTION	34	{E\|191 - E\|246}	E	191 - 246
35	X-RAY DIFFRACTION	35	{E\|247 - E\|275}	E	247 - 275
36	X-RAY DIFFRACTION	36	{F\|1 - F\|17}	F	1 - 17
37	X-RAY DIFFRACTION	37	{F\|18 - F\|36}	F	18 - 36
38	X-RAY DIFFRACTION	38	{F\|37 - F\|62}	F	37 - 62
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	{F\|206 - F\|227}	F	206 - 227
45	X-RAY DIFFRACTION	45	{F\|228 - F\|246}	F	228 - 246
46	X-RAY DIFFRACTION	46	{F\|247 - F\|275}	F	247 - 275

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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