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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rxp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Trypsin complexed with (1,5-dimethylpyrazol-3-yl)methanamine | ||||||
![]() | Cationic trypsin | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Trypsin-like serine proteases / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamane, J. / Yao, M. / Zhou, Y. / Tanaka, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: In-crystal affinity ranking of fragment hit compounds reveals a relationship with their inhibitory activities 著者: Yamane, J. / Yao, M. / Zhou, Y. / Hiramatsu, Y. / Fujiwara, K. / Yamaguchi, T. / Yamaguchi, H. / Togame, H. / Tsujishita, H. / Takemoto, H. / Tanaka, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3atiC ![]() 3atkC ![]() 3atlC ![]() 3atmC ![]() 3rxaC ![]() 3rxbC ![]() 3rxcC ![]() 3rxdC ![]() 3rxeC ![]() 3rxfC ![]() 3rxgC ![]() 3rxhC ![]() 3rxiC ![]() 3rxjC ![]() 3rxkC ![]() 3rxlC ![]() 3rxmC ![]() 3rxoC ![]() 3rxqC ![]() 3rxrC ![]() 3rxsC ![]() 3rxtC ![]() 3rxuC ![]() 3rxvC ![]() 1s0rS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 321分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/SW3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/SW3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||||
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#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-SW3 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 30% PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 28758 / Num. obs: 28010 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rsym value: 0.035 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1S0R 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.255 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.208 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0.088 / Total num. of bins used: 20
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