PDB-3rwt: Crystal structure of circular permutated Red Fluorescent Protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rwt

タイトル

Crystal structure of circular permutated Red Fluorescent Protein mKate(cp 154-153)

要素

Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / GFP-like fluorescent protein / mKate / circular permutated / red fluorescentprotein

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Fluorescent protein FP480

機能・相同性情報

生物種

Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wang, Q. / Sondermann, H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Circular permutation of red fluorescent proteins.
著者: Shui, B. / Wang, Q. / Lee, F. / Byrnes, L.J. / Chudakov, D.M. / Lukyanov, S.A. / Sondermann, H. / Kotlikoff, M.I.

履歴

登録	2011年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年6月21日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rwt.cif.gz	765 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rwt.ent.gz	646.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rwt_validation.pdf.gz	501.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rwt_full_validation.pdf.gz	566.5 KB	表示
XML形式データ	3rwt_validation.xml.gz	80.6 KB	表示
CIF形式データ	3rwt_validation.cif.gz	99 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/3rwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/3rwt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3rwaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rwa-1 6wem-d 5fvi-d 4glo-d 3svn-d 2gw3-1 3svr-d 4gkb-d 4ljb-d 2gw4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

F: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

A: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

B: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

C: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

D: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

E: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

G: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

H: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

ヘテロ分子

213 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

A: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

B: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

G: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

D: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

E: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

H: Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.457, 71.441, 367.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480 分子量: 26586.268 Da / 分子数: 8 / 変異: G1E, G2F,G1E, G2F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: circular permutated mKate (cp154-153) 由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VX33
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE REPORTED CONFLICTS WITH THE UNP DATABASE IS DUE TO THE FACT THAT THIS PROTEIN HAS BEEN RE- ...THE REPORTED CONFLICTS WITH THE UNP DATABASE IS DUE TO THE FACT THAT THIS PROTEIN HAS BEEN RE-ENGINEERED MANY TIMES BY OTHER LABS FOR ITS APPLICATION IN THE PAST FEW YEARS

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.4, 0.2 M MgCl2 and 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 70 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月15日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→38.9 Å / Num. obs: 38875 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 15.3 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 3→3.1032 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3680 / R_sym value: 0.089 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→38.9 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / FOM work R set: 0.7918 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.11 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2784	2006	5.16 %
R_work	0.2171	-	-
obs	0.2203	37589	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.826 Å² / k_sol: 0.302 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 244.73 Å² / B_iso mean: 95.4753 Å² / B_iso min: 22.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.189 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.278 Å²	-0 Å²
3-	-	-	11.467 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→38.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14904	0	1	2	14907

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	15340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.59	20661
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	2182
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2653
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.886	5807

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.1032	0.3018	196	0.2356	3565	3761	98
3.1032-3.2274	0.3559	194	0.245	3613	3807	100
3.2274-3.3742	0.3439	202	0.2401	3646	3848	100
3.3742-3.5519	0.3539	197	0.2445	3627	3824	100
3.5519-3.7743	0.2923	196	0.2313	3677	3873	100
3.7743-4.0654	0.2441	198	0.2103	3626	3824	100
4.0654-4.474	0.2552	203	0.1878	3714	3917	100
4.474-5.1202	0.2522	197	0.181	3728	3925	100
5.1202-6.4462	0.2848	211	0.2278	3747	3958	100
6.4462-38.9	0.2494	212	0.2248	3926	4138	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9173	1.0058	1.9811	4.7646	0.4939	1.4562	-0.2688	0.1478	0.6024	0.2221	-0.078	-1.0571	-0.1549	-0.1286	0.3873	0.6806	0.1155	-0.193	0.1289	0.1674	0.4836	0.7407	40.0558	21.5896
2	3.1158	0.2729	0.717	6.2095	-0.4693	2.9864	-0.2209	0.2598	0.1675	0.0326	-0.2922	-1.9729	-0.1499	0.2864	0.5496	0.4777	0.0106	-0.1809	0.1617	0.2211	0.7594	9.258	35.692	23.0985
3	3.5162	-0.9532	1.359	2.5051	-2.4136	1.965	0.2003	-0.8735	-0.6189	-0.2131	0.3523	0.615	0.6536	-0.3322	-0.5108	0.6651	-0.0712	-0.2303	0.3947	0.3223	0.4473	-19.8676	4.634	26.9113
4	4.8105	0.0863	1.6979	2.7445	-1.2492	2.8984	0.1826	-0.8312	-0.4265	-0.27	0.3476	1.0891	-0.1382	-0.6366	-0.4393	0.4284	0.083	-0.2492	0.3515	0.2256	0.5389	-27.163	7.675	21.3192
5	2.0557	0.7435	-0.557	4.1432	-2.2856	2.0649	-0.1414	0.2995	0.0164	-0.4461	0.4178	0.7007	0.7988	-0.4432	-0.2752	0.155	0.0169	-0.2635	0.8778	0.3311	0.2374	22.0891	-20.2474	60.3132
6	2.3329	-1.3669	1.4233	3.9283	-0.6857	3.1848	-0.1236	0.4538	0.5738	-0.404	0.1068	0.3259	0.1752	0.2735	0.0016	0.1661	0.0197	-0.2108	0.703	0.323	0.3214	26.3492	-12.3015	56.788
7	4.4149	1.0549	-0.4276	3.5883	-1.4366	1.3952	-0.1049	0.2557	1.2315	0.1903	-0.2827	-0.5436	0.2831	0.0042	0.4014	0.0963	0.0833	-0.1871	0.6483	0.1851	0.5439	-13.5282	-17.1168	70.344
8	6.2814	0.6687	-0.2452	3.1178	-0.6805	3.5435	-0.3243	0.0874	2.1819	0.253	-0.2277	-0.0226	-0.2713	-0.1029	0.5111	0.0747	0.029	-0.243	0.4531	0.1935	0.7621	-17.9017	-8.5964	68.8343
9	2.6303	-1.4457	2.597	3.0939	-1.4309	2.0783	0.3405	-0.1484	-0.6224	-0.9291	0.3306	0.6564	0.5901	-0.6615	-0.522	0.4529	-0.1188	-0.2863	0.7882	0.2635	0.4728	22.5062	33.7336	65.0214
10	3.3238	0.2379	1.0473	4.1564	-1.2268	2.7494	0.3535	-0.289	-1.1602	-0.7172	0.1687	0.4152	0.5905	-0.0021	-0.4197	0.2904	0.0427	-0.2144	0.4255	0.2404	0.5172	25.5473	26.432	70.6008
11	3.6835	0.0773	2.0574	2.0392	-0.0562	1.5721	0.4813	-0.5697	-0.6458	0.3622	-0.307	-0.1089	0.3344	-0.8754	-0.2356	0.7755	-0.0009	-0.3202	0.1931	0.2203	0.2801	-2.4795	4.2177	31.6119
12	3.002	-1.1245	0.8031	1.843	-1.0946	3.1544	0.1686	-0.3631	-0.302	0.2782	-0.1737	-0.4793	-0.3586	-0.1543	0.0168	0.6556	0.0341	-0.2958	0.1829	0.2222	0.3337	5.5468	8.4346	35.1374
13	4.6909	2.5679	1.8455	4.476	-1.741	2.2206	-0.5521	0.0757	1.2402	-0.3836	0.4612	0.956	-0.5565	-0.0022	0.1338	0.6769	0.104	-0.2139	0.1124	-0.0223	0.595	-16.3494	40.2181	15.856
14	3.5663	2.3505	0.2556	5.9833	-0.8851	0.9688	-0.5696	-0.1505	1.3319	-0.6159	0.2476	1.968	0.1776	-0.4435	0.2903	0.4277	0.2014	-0.4131	0.2694	-0.1314	0.9593	-25.5682	37.3245	16.4538
15	4.9823	2.2437	1.8103	5.0255	-2.1897	2.2927	0.347	-0.368	-1.0362	0.1227	-0.5693	-1.2597	-0.1768	0.5348	0.1038	0.1549	0.1105	0.0086	0.6821	0.2217	0.604	-13.391	37.2422	76.0691
16	6.8985	2.1001	0.9272	3.311	-0.8649	1.8945	0.242	-0.6259	-2.1292	-0.2301	-0.5107	-1.2726	0.4721	-0.2259	0.2244	0.2832	0.203	0.1249	0.4374	0.3563	0.9882	-16.2587	28.0254	75.4785

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:80)	A	1 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 81:235)	A	81 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:80)	B	1 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 81:235)	B	81 - 235
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 1:80)	C	1 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 81:235)	C	81 - 235
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 1:80)	D	1 - 80
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 81:235)	D	81 - 235
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain E and resid 1:80)	E	1 - 80
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain E and resid 81:235)	E	81 - 235
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain F and resid 1:80)	F	1 - 80
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain F and resid 81:235)	F	81 - 235
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain G and resid 1:80)	G	1 - 80
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain G and resid 81:235)	G	81 - 235
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain H and resid 1:80)	H	1 - 80
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain H and resid 81:235)	H	81 - 235

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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