PDB-3rwn: Atomic structure of bacteriophage sf6 tail needle knob

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rwn

タイトル

Atomic structure of bacteriophage sf6 tail needle knob

要素

Gene 9 protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Knob / Cell membrane penetration / bacteriophage Sf6

機能・相同性

機能・相同性情報

Sf6-type phage tail needle knob / Sf6-type phage tail needle knob superfamily / Sf6-type phage tail needle knob or tip of some Caudovirales / Sf6-type phage tail needle knob / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Shigella phage Sf6 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Bhardwaj, A. / Cingolani, G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Atomic structure of bacteriophage Sf6 tail needle knob.
著者: Bhardwaj, A. / Molineux, I.J. / Casjens, S.R. / Cingolani, G.

履歴

登録	2011年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2011年6月8日	ID: 3JR0
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rwn.cif.gz	299.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rwn.ent.gz	246.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rwn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/3rwn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/3rwn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4k6b-d 6ki1-2 4zch-2 6s21-2 1q5h-d 4zch-1 5w3x-1 4brj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gene 9 protein

B: Gene 9 protein

C: Gene 9 protein

ヘテロ分子

52 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.407, 88.325, 89.106
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 130:282 ) and (not element H)
2	1	1	chain B and (resseq 130:282 ) and (not element H)
3	1	1	chain C and (resseq 130:282 ) and (not element H)

#1: タンパク質	Gene 9 protein 分子量: 17140.303 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 132-282 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf6 (ファージ) / プラスミド: pMAL-2ce / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) plyse / 参照: UniProt: Q716G6
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1017 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 22% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→15 Å / Num. obs: 222826 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 25.9
反射シェル	解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.573 / % possible all: 71.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1→14.992 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1418	3486	89 %
R_work	0.1328	-	-
obs	0.1329	222826	81.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 108.829 Å² / k_sol: 0.6 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4858 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.7572 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.243 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→14.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3466	0	35	1017	4518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3559
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.163	4851
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.383	1250
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	608

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.385
1	3	C	1146	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0004-1.0141	0.2935	76	0.2787	8853	X-RAY DIFFRACTION	46
1.0141-1.0286	0.2349	92	0.2597	10556	X-RAY DIFFRACTION	56
1.0286-1.0439	0.2465	106	0.2604	11785	X-RAY DIFFRACTION	62
1.0439-1.0602	0.2225	118	0.2239	12486	X-RAY DIFFRACTION	66
1.0602-1.0776	0.2339	127	0.2033	13418	X-RAY DIFFRACTION	70
1.0776-1.0962	0.2234	117	0.19	13990	X-RAY DIFFRACTION	73
1.0962-1.1161	0.1625	114	0.1614	14291	X-RAY DIFFRACTION	75
1.1161-1.1376	0.1567	123	0.1487	14773	X-RAY DIFFRACTION	77
1.1376-1.1608	0.1847	143	0.142	15059	X-RAY DIFFRACTION	79
1.1608-1.186	0.1444	144	0.138	15368	X-RAY DIFFRACTION	81
1.186-1.2136	0.1466	135	0.1316	15644	X-RAY DIFFRACTION	82
1.2136-1.2439	0.1469	151	0.1326	15936	X-RAY DIFFRACTION	84
1.2439-1.2775	0.1712	153	0.1299	16195	X-RAY DIFFRACTION	85
1.2775-1.3151	0.131	138	0.1252	16601	X-RAY DIFFRACTION	87
1.3151-1.3575	0.1445	143	0.1339	16903	X-RAY DIFFRACTION	88
1.3575-1.406	0.1431	150	0.1218	17041	X-RAY DIFFRACTION	90
1.406-1.4623	0.1206	165	0.1133	17403	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4623-1.5288	0.1167	156	0.1053	17677	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5288-1.6093	0.105	155	0.1012	17893	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6093-1.71	0.1212	173	0.1144	17650	X-RAY DIFFRACTION	93
1.71-1.8418	0.1167	152	0.1097	18174	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8418-2.0267	0.1165	172	0.1127	18327	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0267-2.3191	0.1112	169	0.1119	18654	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3191-2.9182	0.136	165	0.1229	18584	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9182-14.9933	0.1538	149	0.1509	16876	X-RAY DIFFRACTION	89

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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