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万見
- PDB-3rv7: Structure of a M. tuberculosis Salicylate Synthase, MbtI, in Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rv7
タイトルStructure of a M. tuberculosis Salicylate Synthase, MbtI, in Complex with an Inhibitor with Isopropyl R-Group
要素Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / salicylate synthase / chorismate binding / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity ...isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity / response to host immune response / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Salicylate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RVB / Salicylate synthase / Salicylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chi, G. / Bulloch, E.M.M. / Manos-Turvey, A. / Payne, R.J. / Lott, J.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Implications of binding mode and active site flexibility for inhibitor potency against the salicylate synthase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Chi, G. / Manos-Turvey, A. / O'Connor, P.D. / Johnston, J.M. / Evans, G.L. / Baker, E.N. / Payne, R.J. / Lott, J.S. / Bulloch, E.M.
履歴
登録2011年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Non-polymer description
改定 1.22012年6月13日Group: Database references
改定 1.32013年6月19日Group: Database references
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
B: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
C: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
D: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,1828
ポリマ－195,1174
非ポリマー1,0654
水8,233457
1
A: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0452
ポリマ－48,7791
非ポリマー2661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0452
ポリマ－48,7791
非ポリマー2661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0452
ポリマ－48,7791
非ポリマー2661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0452
ポリマ－48,7791
非ポリマー2661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.667, 113.939, 95.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI / Mycobactin synthase protein I / Salicylate synthase mbtI


分子量: 48779.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37rv / 遺伝子: Rv2386c / プラスミド: pET42a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21:DE3
参照: UniProt: Q7D785, UniProt: P9WFX1*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離, isochorismate synthase
#2: 化合物
ChemComp-RVB / 3-{[(1Z)-1-carboxy-3-methylbut-1-en-1-yl]oxy}-2-hydroxybenzoic acid


分子量: 266.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 12% PEG 6000, 0.2M Malic acid/KOH, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月27日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.78 Å / Num. obs: 63720 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 51.17 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9277 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9053 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 3224 5.06 %RANDOM
Rwork0.1844 ---
obs0.1863 63699 --
all-63699 --
原子変位パラメータBiso max: 125.79 Å2 / Biso mean: 43.17 Å2 / Biso min: 6.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7545 Å20 Å2-0.2871 Å2
2---12.185 Å20 Å2
3---6.4305 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.283 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12820 0 76 457 13353
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4485SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes306HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2004HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13145HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1736SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15345SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13145HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17880HARMONIC21.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.12
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 268 5.75 %
Rwork0.218 4392 -
all0.2209 4660 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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