PDB-3ruk: Human Cytochrome P450 CYP17A1 in complex with Abiraterone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ruk

タイトル

Human Cytochrome P450 CYP17A1 in complex with Abiraterone

要素

Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P450 / CYP17A1 / P450 17A1 / monooxygenase / 17a-hydroxylase / 17 / 20-lyase / heme protein / cytochrome P450 oxidoreductase / Abiraterone / Zytiga / 17a-hydroxylation / membrane / microsome / endoplasmic reticulum / Galeterone / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

DeVore, N.M. / Scott, E.E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structures of cytochrome P450 17A1 with prostate cancer drugs abiraterone and TOK-001.
著者: Devore, N.M. / Scott, E.E.

履歴

登録	2011年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ruk.cif.gz	378.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ruk.ent.gz	309.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ruk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ruk_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ruk_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	3ruk_validation.xml.gz	70.3 KB	表示
CIF形式データ	3ruk_validation.cif.gz	92.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ruk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ruk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3swzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nkx-1 5uys-1 5irq-1 4nkz-2 6cir-1 5irv-1 6wr0-2 4nkw-1 5irq-2 5irv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.813, 152.098, 172.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase 分子量: 55740.141 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 24-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17, CYP17A1, S17AH / プラスミド: pCWori+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P05093, EC: 1.14.99.9
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-AER / Abiraterone / (3S,8R,9S,10R,13S,14S)-10,13-dimethyl-17-pyridin-3-yl-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15-decahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-ol / アビラテロン分子量: 349.509 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₁NO / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 3350, 0.175 M Tris, 0.30 M ammonium sulfate, 3% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月26日 / 詳細: RH COATED FLAT MIRROR, TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→40.49 Å / Num. obs: 70364 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 56.2 Å² / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	6.1.13	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CYP2R1

解像度: 2.6→40.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 13.297 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.368
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	3531	5 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.222	66758	100 %	-
all	-	66758	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.3442 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14921	0	276	118	15315

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	240	-
R_work	0.305	4864	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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