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- PDB-3rui: Crystal structure of Atg7C-Atg8 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rui
タイトルCrystal structure of Atg7C-Atg8 complex
要素
  • Autophagy-related protein 8
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
キーワードLIGASE / Autophagy / Autophagosome formation / non-canonical E1 / ATP binding / Ubl / Atg8 / Atg12 / Atg10 / Atg3 / Ubl activation / thiolation / Zinc Finger / GxGxxG motif ATP binding motif / E1-like protein / Zinc binding / Atg8 protein binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Cvt vesicle membrane / Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / protein modification by small protein conjugation / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / regulation of membrane invagination / vacuole-isolation membrane contact site / lipid droplet formation ...Cvt vesicle membrane / Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / protein modification by small protein conjugation / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / regulation of membrane invagination / vacuole-isolation membrane contact site / lipid droplet formation / protein targeting to vacuole involved in autophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / protein localization to phagophore assembly site / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylethanolamine binding / protein-containing complex localization / phagophore assembly site / fungal-type vacuole membrane / cellular response to nitrogen starvation / reticulophagy / autophagosome membrane / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / autophagosome assembly / autophagosome maturation / regulation of macroautophagy / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / mitophagy / lipid droplet / Neutrophil degranulation / autophagosome / macroautophagy / mitochondrial membrane / autophagy / protein tag activity / membrane fusion / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminus / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family ...Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminus / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 8 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.906 Å
データ登録者Hong, S.B. / Kim, B.W. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Insights into noncanonical E1 enzyme activation from the structure of autophagic E1 Atg7 with Atg8.
著者: Hong, S.B. / Kim, B.W. / Lee, K.E. / Kim, S.W. / Jeon, H. / Kim, J. / Song, H.K.
履歴
登録2011年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
B: Autophagy-related protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1443
ポリマ－52,0792
非ポリマー651
水5,729318
1
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
B: Autophagy-related protein 8
ヘテロ分子

A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
B: Autophagy-related protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2886
ポリマ－104,1574
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_646y+1,x-1,-z+11
Buried area13120 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area35300 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.326, 71.326, 220.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-188-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 / ATG12-activating enzyme E1 ATG7 / Autophagy-related protein 7 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 2


分子量: 38442.773 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (UNP RESIDUES 293-630) / 変異: C507S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: ATG7, APG7, CVT2, YHR171W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38862
#2: タンパク質 Autophagy-related protein 8 / Autophagy-related ubiquitin-like modifier ATG8 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 5


分子量: 13635.747 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-116 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: ATG8, APG8, AUT7, CVT5, YBL078C, YBL0732 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38182
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M proline, 0.1M Hepes pH 7.5, 10~7% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A10.9796, 0.9799, 0.95
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2010年6月1日
ADSC QUANTUM 2102CCD2010年6月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromatorMADMx-ray1
2Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen coolingSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97991
30.951
411
反射解像度: 1.9→41.611 Å / Num. obs: 43347 / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.906→41.6 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 3 / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 1924 4.44 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
all0.1933 ---
obs0.1933 43347 95 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.027 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1293 Å20 Å2-0 Å2
2--6.1293 Å2-0 Å2
3----12.2585 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.906→41.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3504 0 1 318 3823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1524839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2241348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005617
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9059-1.95360.28211180.2287244181
1.9536-2.00640.2911230.2248273789
2.0064-2.06550.26191280.2057282192
2.0655-2.13210.24871370.209288695
2.1321-2.20830.26991350.2002287794
2.2083-2.29670.24591390.2026296296
2.2967-2.40120.23411350.1905291195
2.4012-2.52780.21931370.1862294795
2.5278-2.68620.19781400.1881298697
2.6862-2.89350.20831420.1943305598
2.8935-3.18460.21331400.1952306699
3.1846-3.64520.19541450.17963153100
3.6452-4.59170.20241490.17033203100
4.5917-41.6210.21391560.2049337899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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