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万見
- PDB-3rty: Structure of an Enclosed Dimer Formed by The Drosophila Period Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rty
タイトルStructure of an Enclosed Dimer Formed by The Drosophila Period Protein
要素Period circadian protein
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / PAS domain / signalling / Timeless
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear import of PER and TIM / Dephosphorylation of TIM / eclosion rhythm / Transcription repression by PER and activation by PDP1 / Dephosphorylation of PER / Phosphorylation of PER and TIM / copulation / Degradation of PER / Degradation of TIM / courtship behavior ...Nuclear import of PER and TIM / Dephosphorylation of TIM / eclosion rhythm / Transcription repression by PER and activation by PDP1 / Dephosphorylation of PER / Phosphorylation of PER and TIM / copulation / Degradation of PER / Degradation of TIM / courtship behavior / male courtship behavior, veined wing generated song production / circadian temperature homeostasis / rhythmic behavior / circadian sleep/wake cycle / regulation of locomotor rhythm / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / entrainment of circadian clock / mating behavior / circadian behavior / response to temperature stimulus / entrainment of circadian clock by photoperiod / locomotor rhythm / behavioral response to cocaine / response to light stimulus / long-term memory / transcription corepressor binding / determination of adult lifespan / transcription coregulator activity / regulation of protein phosphorylation / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / transcription corepressor activity / cell body / response to oxidative stress / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Period circadian protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者King, H.A. / Hoelz, A. / Crane, B.R. / Young, M.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of an enclosed dimer formed by the Drosophila period protein.
著者: King, H.A. / Hoelz, A. / Crane, B.R. / Young, M.W.
履歴
登録2011年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Period circadian protein
B: Period circadian protein
C: Period circadian protein
D: Period circadian protein
E: Period circadian protein
F: Period circadian protein
G: Period circadian protein
H: Period circadian protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,81436
ポリマ－305,4958
非ポリマー4,31928
水4,197233
1
A: Period circadian protein
B: Period circadian protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,60810
ポリマ－76,3742
非ポリマー1,2348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area30910 Å2
手法PISA
2
C: Period circadian protein
D: Period circadian protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4549
ポリマ－76,3742
非ポリマー1,0807
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area30780 Å2
手法PISA
3
E: Period circadian protein
F: Period circadian protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2998
ポリマ－76,3742
非ポリマー9266
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
4
G: Period circadian protein
H: Period circadian protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4549
ポリマ－76,3742
非ポリマー1,0807
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area30760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.414, 94.697, 141.030
Angle α, β, γ (deg.)88.19, 89.63, 89.87
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Period circadian protein / Protein clock-6 / CLK-6


分子量: 38186.922 Da / 分子数: 8 / 断片: central fragment (UNP residues 236-574) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: per, CG2647 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07663
#2: 化合物...
ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 200 mM lithium chloride, 20 % (w/v) PEG 3350, 100 mM Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 62952 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 87.3 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 14.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→20.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 74354.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 6399 10.2 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 62959 92.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.1009 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 70.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.58 Å22.55 Å21.42 Å2
2--3.28 Å2-1.29 Å2
3----8.86 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→20.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19391 0 224 233 19848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.632.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 889 10.7 %
Rwork0.345 7443 -
obs--68.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6DTT.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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