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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rsb | ||||||
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タイトル | Structure of the Archaeal GTP:AdoCbi-P Guanylyltransferase (CobY) from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
![]() | Adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Pyrophosphorylase binding motif / pyrophosphorylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase / cobinamide phosphate guanylyltransferase activity / bis(molybdopterin guanine dinucleotide)molybdenum biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / GTP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newmister, S.A. / Otte, M.M. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Mutational Analysis of the Archaeal GTP:AdoCbi-P Guanylyltransferase (CobY) from Methanocaldococcus jannaschii: Insights into GTP Binding and Dimerization. 著者: Newmister, S.A. / Otte, M.M. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22109.893 Da / 分子数: 4 / 変異: G153D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: cobY, MJ1117 / プラスミド: pCobY14 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q58517, adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-GTP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.13 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 60% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月13日 / 詳細: Mirrors | ||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 24528 / Num. obs: 24528 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 31.6 | ||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 3.75 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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