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- PDB-3rrw: Crystal structure of the TL29 protein from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rrw
タイトルCrystal structure of the TL29 protein from Arabidopsis thaliana
要素Thylakoid lumenal 29 kDa protein, chloroplastic
キーワードPLANT PROTEIN / chloroplast thylakoid lumen
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid lumen / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid lumen / thylakoid / 酸化還元酵素 / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity ...thylakoid lumen / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid lumen / thylakoid / 酸化還元酵素 / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1620 / Class I peroxidase / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Haem peroxidase / Peroxidase / Haem peroxidase superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Thylakoid lumenal 29 kDa protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lundberg, E. / Storm, P. / Schroder, W.P. / Funk, C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the TL29 protein from Arabidopsis thaliana: An APX homolog without peroxidase activity.
著者: Lundberg, E. / Storm, P. / Schroder, W.P. / Funk, C.
履歴
登録2011年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Database references
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thylakoid lumenal 29 kDa protein, chloroplastic
B: Thylakoid lumenal 29 kDa protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,02611
ポリマ－59,2962
非ポリマー7319
水77543
1
A: Thylakoid lumenal 29 kDa protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0626
ポリマ－29,6481
非ポリマー4145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thylakoid lumenal 29 kDa protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9645
ポリマ－29,6481
非ポリマー3164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.350, 92.350, 143.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Thylakoid lumenal 29 kDa protein, chloroplastic / TL29 / AtAPx07 / P29 / Probable L-ascorbate peroxidase 4


分子量: 29647.926 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 83-349 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TL29, APX4, At4g09010, F23J3.40 / プラスミド: pET-46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P82281
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: Reservoir solution: 16 % PEG 4000, 0.2M potassium phosphate, 10 % glycerol. Protein solution: 16 mM sodium phosphate, 0.1 M NaCl, 10 % glycerol, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月6日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.28 Å / Num. all: 22173 / Num. obs: 22173 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 3160 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→46.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 21.384 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2755 1130 5.1 %RANDOM
Rwork0.22491 ---
all0.22753 20985 --
obs0.22753 20985 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.468 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3904 0 42 43 3989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.9795393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6665505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36124.914175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.99715710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0081524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7081.52510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33424012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43431491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8714.51381
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 84 -
Rwork0.323 1524 -
obs-1524 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7195-0.74150.36982.9737-1.93493.1-0.05-0.1309-0.04950.165-0.0174-0.0889-0.18720.26650.06750.0139-0.01770.00060.1431-0.020.057324.586187.537358.9641
23.7074-0.6989-0.08712.46690.37342.97050.02390.4225-0.3953-0.0253-0.00980.65270.3398-0.7271-0.01410.0484-0.0779-0.0020.23940.01880.242527.042450.019365.764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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