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- PDB-3rru: X-ray crystal structure of the VHS domain of human TOM1-like prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rru
タイトルX-ray crystal structure of the VHS domain of human TOM1-like protein, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR3050E
要素TOM1L1 protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / super-helical protein / Src-activating and signaling molecule protein / Target of Myb-like protein 1
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi stack / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / negative regulation of mitotic nuclear division / clathrin binding / activation of protein kinase activity / protein kinase activator activity / positive regulation of protein autophosphorylation / phosphatidylinositol binding / ubiquitin binding / SH3 domain binding ...Golgi stack / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / negative regulation of mitotic nuclear division / clathrin binding / activation of protein kinase activity / protein kinase activator activity / positive regulation of protein autophosphorylation / phosphatidylinositol binding / ubiquitin binding / SH3 domain binding / protein transport / lysosome / endosome membrane / endosome / protein kinase binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TOM1-like protein 1 / : / Target of Myb protein 1 / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. ...TOM1-like protein 1 / : / Target of Myb protein 1 / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TOM1-like protein 1 / TOM1-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Patel, D. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Patel, D. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of the VHS domain of human TOM1-like protein, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR3050E
著者: Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Patel, D. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2011年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOM1L1 protein
B: TOM1L1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9672
ポリマ－34,9672
非ポリマー00
水00
1
A: TOM1L1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4841
ポリマ－17,4841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TOM1L1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4841
ポリマ－17,4841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.047, 122.047, 55.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 TOM1L1 protein / Target of myb1-like 1 (Chicken) / isoform CRA_a


分子量: 17483.631 Da / 分子数: 2 / 断片: VHS_Tom1, residues 9-150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hCG_32771, tom1-like, TOM1L1 / プラスミド: pET14-15C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8N749, UniProt: O75674*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.69 %
結晶化温度: 291 K / pH: 6
詳細: Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, and 0.02% NaN3. Reservoir solution: 100mM MES (pH 6), 40% PEG 8000, and 100mM Ammonium Sulfate, micro batch under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 18360 / Num. obs: 17498 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique all: 1371 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 81.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SnBthen SOLVE/RESOLVE位相決定
CNS1.2 & XtalView精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 59077.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1634 9.3 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.23 18360 --
obs0.227 17498 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 4.55384 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.76 Å20 Å20 Å2
2--4.76 Å20 Å2
3----9.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 0 0 2254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 138 9.1 %
Rwork0.368 1371 -
obs-1371 81.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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