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- PDB-3rrl: Complex structure of 3-oxoadipate coA-transferase subunit A and B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rrl
タイトルComplex structure of 3-oxoadipate coA-transferase subunit A and B from Helicobacter pylori 26695
要素
  • Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A
  • Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B
キーワードTRANSFERASE / MCSG / PSI-biology / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / 3-oxoadipate coA-transferase subunit A and B
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacid CoA-transferase / succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / CoA-transferase activity
類似検索 - 分子機能
Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / Coenzyme A transferases signature 2. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase ...Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / Coenzyme A transferases signature 2. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase / Coenzyme A transferase / NagB/RpiA transferase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase subunit A / Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Nocek, B. / Stein, A. / Marshall, N. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Complex structure of 3-oxoadipate coA-transferase subunit A and B from Helicobacter pylori 26695
著者: Nocek, B. / Stein, A. / Marshall, N. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月11日Group: Structure summary
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A
B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B
C: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A
D: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2185
ポリマ-97,1264
非ポリマー921
4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12500 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area31640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.392, 65.705, 104.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細heterotetramer

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要素

#1: タンパク質 Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit A / Succinyl CoA:3-oxoacid CoA-transferase / OXCT A


分子量: 25806.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / : 2669 / 遺伝子: scoA, HP_0691 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56006, 3-oxoacid CoA-transferase
#2: タンパク質 Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase subunit B / OXCT B / Succinyl CoA:3-oxoacid CoA-transferase


分子量: 22756.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / : 2669 / 遺伝子: scoB, HP_0692 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56007, 3-oxoacid CoA-transferase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化pH: 5.5
詳細: Sodium Citrate 20 % Peg 3000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.288→40 Å / Num. obs: 44755 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHENIXモデル構築
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.29→39.3 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 2260 5.05 %
Rwork0.176 --
obs0.178 44743 98.5 %
all-47003 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7338 Å20 Å21.6836 Å2
2--9.5011 Å2-0 Å2
3----5.9389 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→39.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6453 0 6 245 6704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0198858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5142381
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2876-2.36940.30722140.25393695X-RAY DIFFRACTION87
2.3694-2.46420.26472120.22114261X-RAY DIFFRACTION100
2.4642-2.57640.25082160.21384290X-RAY DIFFRACTION100
2.5764-2.71220.29062240.2094297X-RAY DIFFRACTION100
2.7122-2.88210.2682240.20084294X-RAY DIFFRACTION100
2.8821-3.10450.25592470.19994300X-RAY DIFFRACTION100
3.1045-3.41680.24562360.1934303X-RAY DIFFRACTION100
3.4168-3.91080.19412360.16674304X-RAY DIFFRACTION100
3.9108-4.92570.16222240.12184322X-RAY DIFFRACTION100
4.9257-39.30870.18162270.16744417X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16930.0214-0.05430.8331-0.17030.05330.0710.1408-0.0355-0.3175-0.12370.00870.32460.46010.05960.4063-0.03040.02410.5597-0.12390.223435.6651-3.4685-2.2507
21.42060.71960.19750.8317-0.06470.09340.01710.1587-0.0021-0.2012-0.04190.19210.1854-0.27740.0030.2954-0.0715-0.0270.2597-0.06610.236622.4503-4.90339.3897
31.32071.65411.16682.78950.93261.4819-0.1339-0.0620.27910.0231-0.040.43730.163-0.76390.18620.2992-0.1002-0.01470.4262-0.03820.380714.7443-3.190214.4561
43.1872.7331-2.05012.7725-1.43222.89320.02310.30640.78280.00950.57480.63370.0997-1.334-0.57830.5606-0.19020.22851.2747-0.18190.70288.7985-6.299320.379
50.6905-0.4388-0.12730.3409-0.12820.7423-0.08640.01630.16880.11570.113-0.21610.0007-0.03770.00530.2297-0.00480.02440.1767-0.00650.210825.95630.798925.2189
60.28520.26910.06720.25550.06830.01450.0127-0.0571-0.14050.0729-0.0147-0.05470.2537-0.00020.01470.26210.04710.02550.17520.03230.162230.81420.88932.5901
71.35810.5244-0.56641.911-0.18470.43040.28-0.65890.05170.3118-0.13370.07440.24490.2048-0.15730.3797-0.05860.04050.3456-0.00310.236932.13521.844741.2779
80.6042-0.0841-0.26960.15990.54091.82540.10990.0515-0.17220.03630.0747-0.040.2715-0.0963-0.17120.2826-0.0261-0.02290.206-0.06220.277330.9204-0.389314.2088
90.51880.1307-0.24670.4827-0.02790.63140.15690.1776-0.0334-0.0678-0.11160.09360.18630.0069-0.01260.20540.04380.00060.2278-0.04610.146832.90445.61248.9202
100.1533-0.10070.24290.2622-0.14340.40340.2290.12410.0891-0.1229-0.2462-0.08360.0607-0.12830.01460.31040.02240.03460.53570.0680.19441.015513.12260.9309
111.07560.18970.0050.20.24050.3433-0.04250.0945-0.1041-0.1322-0.13540.0924-0.095-0.11990.17730.27190.0253-0.00230.342-0.04020.216336.18553.28694.9836
120.2202-0.1909-0.05610.23740.03790.0372-0.0072-0.0884-0.1065-0.0554-0.01530.11810.0277-0.014-0.02010.27660.2317-0.08820.5585-0.0550.283914.555315.01936.398
131.51720.1563-0.30775.03570.37110.62260.07840.175-0.0837-0.012-0.1374-0.1534-0.2714-0.31480.01070.3340.1357-0.00680.3799-0.1050.29189.722428.157633.181
140.861-0.3498-0.26530.2265-0.26561.83380.03320.07080.1543-0.3774-0.0862-0.3721-0.5644-0.15640.04130.28460.04390.05550.1938-0.02520.283618.283725.403327.4387
151.73820.74510.40081.5952-0.16211.96180.17850.0509-0.22460.09270.1832-0.1184-0.2774-0.2097-0.31980.24210.07580.01340.21870.01520.217723.435424.594922.3408
160.2223-0.10090.13160.1127-0.04640.09690.09920.263-0.0578-0.0977-0.08480.008-0.00180.0243-0.01470.45160.3683-0.10580.6538-0.01810.301615.949325.21048.6093
170.30180.25570.18510.81160.21720.4450.12750.1379-0.0797-0.0215-0.12720.1094-0.0644-0.2286-0.00120.18790.0837-0.00770.2122-0.01780.182925.890917.692820.0822
180.0912-0.06780.07660.0551-0.06140.0722-0.13870.0035-0.00120.1087-0.08830.16090.26390.04030.16720.3463-0.00410.09130.2452-0.09820.315913.204211.683838.5498
190.26620.07110.42882.20230.71241.1977-0.08390.19050.0645-0.1243-0.12050.1010.0034-0.40060.20640.2348-0.00420.08130.3383-0.06850.282915.995710.803333.0853
201.91161.12270.98620.84180.41820.7823-0.0914-0.48560.7337-0.0942-0.19270.62420.1203-0.78890.29410.3029-0.10450.04850.4611-0.20150.56741.56613.489141.2458
210.11290.06410.13050.12430.07480.162-0.0914-0.0446-0.0369-0.0349-0.10110.08180.0056-0.17870.07230.23880.00290.09710.3039-0.11270.287413.485616.320841.7436
220.4869-0.50350.99191.3878-0.79542.55630.3658-0.5096-0.3623-0.0543-0.481-0.02470.01040.0590.11470.30320.06560.03790.542-0.01590.466917.406618.94150.5533
231.668-0.72331.11591.8559-0.53791.0002-0.0698-0.07550.1141-0.2039-0.1255-0.1161-0.0445-0.08790.16250.33270.03970.0870.2897-0.11320.35595.639229.633345.4426
240.3837-0.3686-0.18270.44650.20030.0928-0.1766-0.065-0.01580.22570.1221-0.02220.265-0.07660.05740.3909-0.09580.17310.328-0.17050.3315.549421.631851.0281
250.10140.03480.0020.03320.04460.08890.0887-0.00380.09820.07770.03870.1438-0.07880.0266-0.10150.6887-0.1698-0.07030.20960.04620.474142.389236.445325.4415
260.19730.06470.19370.249-0.25760.64020.1188-0.20540.03770.3677-0.2815-0.0851-0.33660.14450.10960.3444-0.1631-0.08910.33760.04850.190852.244125.338430.9402
270.02910.04020.04370.04740.05280.05310.0166-0.06640.0410.0674-0.0045-0.0654-0.0340.035-0.00480.3474-0.3481-0.19130.3670.01720.221656.588326.890235.9885
280.0224-0.00780.01830.0053-0.01140.0122-0.04-0.02120.06160.0052-0.0401-0.0731-0.11610.16720.00530.1358-0.3086-0.34940.7220.15140.104961.291119.386632.6112
290.2078-0.10990.01890.26310.10340.813-0.11510.13010.14740.00650.086-0.0451-0.0445-0.12130.00350.40330.0625-0.06351.07340.40680.855566.478412.484533.2571
300.04550.13370.14470.58520.62220.6806-0.0267-0.0523-0.0348-0.1111-0.2-0.0975-0.1968-0.05370.08360.2431-0.002-0.03170.33750.13460.202551.55088.320832.0017
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460.64970.9714-0.14961.6594-0.00591.2579-0.1677-0.03980.10550.11910.20110.20950.1852-0.1145-0.06410.24760.09340.02170.38840.15520.258763.3842-10.88930.2537
470.2890.1851-0.44310.5324-0.11550.7710.22310.19720.1034-0.1080.00090.25420.1629-0.0457-0.28330.34780.1237-0.00720.4306-0.05020.468466.3555-18.400716.0033
482.5501-1.9197-1.5661.77791.37341.6167-0.3802-0.1467-0.93680.1853-0.24390.41260.58250.13950.52940.63710.2098-0.03380.40480.0340.613169.9778-22.901320.448
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:9)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 10:56)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 57:81)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 82:93)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 94:108)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 109:128)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 129:143)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 144:158)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 159:190)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 191:202)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 203:217)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 218:230)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 1:13)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 14:32)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 33:49)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 50:58)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 59:96)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 97:112)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 113:140)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 141:152)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 153:176)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 177:182)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 183:192)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 193:207)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN C AND RESID 1:7)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN C AND RESID 8:34)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN C AND RESID 35:50)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN C AND RESID 51:76)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN C AND RESID 77:92)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN C AND RESID 93:108)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN C AND RESID 109:128)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN C AND RESID 129:147)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN C AND RESID 148:179)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN C AND RESID 180:185)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN C AND RESID 186:201)
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN C AND RESID 202:230)
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN D AND RESID 1:9)
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN D AND RESID 10:32)
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN D AND RESID 33:38)
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN D AND RESID 39:57)
41X-RAY DIFFRACTION41(CHAIN D AND RESID 58:83)
42X-RAY DIFFRACTION42(CHAIN D AND RESID 84:107)
43X-RAY DIFFRACTION43(CHAIN D AND RESID 108:122)
44X-RAY DIFFRACTION44(CHAIN D AND RESID 123:139)
45X-RAY DIFFRACTION45(CHAIN D AND RESID 140:150)
46X-RAY DIFFRACTION46(CHAIN D AND RESID 151:163)
47X-RAY DIFFRACTION47(CHAIN D AND RESID 164:194)
48X-RAY DIFFRACTION48(CHAIN D AND RESID 195:207)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る