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万見
- PDB-3rrk: Crystal structure of the cytoplasmic N-terminal domain of subunit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rrk
タイトルCrystal structure of the cytoplasmic N-terminal domain of subunit I, homolog of subunit a, of V-ATPase
要素V-type ATPase 116 kDa subunit
キーワードPROTON TRANSPORT / alpha beta fold / Proton pump / subunit I/a / V-ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
subunit c (vma5p) of the yeast v-atpase, domain 2 - #20 / Alpha-Beta Plaits - #2170 / Alpha-Beta Plaits - #2750 / subunit c (vma5p) of the yeast v-atpase, domain 2 / V-type ATP synthase subunit I, N-terminal / Vacuolar ATPase subunit I, N-terminal proximal lobe / Vacuolar ATPase Subunit I N-terminal proximal lobe / V-type ATPase subunit I, N-terminal domain / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family ...subunit c (vma5p) of the yeast v-atpase, domain 2 - #20 / Alpha-Beta Plaits - #2170 / Alpha-Beta Plaits - #2750 / subunit c (vma5p) of the yeast v-atpase, domain 2 / V-type ATP synthase subunit I, N-terminal / Vacuolar ATPase subunit I, N-terminal proximal lobe / Vacuolar ATPase Subunit I N-terminal proximal lobe / V-type ATPase subunit I, N-terminal domain / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type ATP synthase subunit I
類似検索 - 構成要素
生物種Meiothermus ruber (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Srinivasan, S. / Vyas, N.K. / Baker, M.L. / Quiocho, F.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the cytoplasmic N-terminal domain of subunit I, a homolog of subunit a, of V-ATPase.
著者: Srinivasan, S. / Vyas, N.K. / Baker, M.L. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2011年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type ATPase 116 kDa subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4114
ポリマ－38,9001
非ポリマー5113
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.320, 102.181, 139.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-89-

ARG

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要素

#1: タンパク質 V-type ATPase 116 kDa subunit


分子量: 38900.340 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-344 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Meiothermus ruber (バクテリア) / 株: DSM 1279 / 遺伝子: Mrub_0956 / プラスミド: pET44-Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D3PQI8
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.8 M sodium-potassium trtarate, 0.1 M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月5日 / 詳細: mirrrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→39.62 Å / Num. all: 16308 / Num. obs: 16308 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 29.4
反射 シェル解像度: 2.64→2.69 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 826 / Rsym value: 0.469 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: SAD phasing

解像度: 2.64→39.62 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Phenix, TLS group refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 753 5.02 %Random
Rwork0.1898 ---
all0.193 16308 --
obs0.193 14998 91.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.364 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.33 Å20 Å2-0 Å2
2--7.1486 Å2-0 Å2
3----16.4786 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å / Luzzati sigma a obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→39.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2304 0 31 38 2373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0963211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.23929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004416
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.64-2.84380.3021370.26972624262486
2.8438-3.12990.28411500.23582807280792
3.1299-3.58250.28221540.20692929292995
3.5825-4.51260.26681590.17072987298796
4.5126-39.620.22091530.17322898289890
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8201-0.1586-0.0521-0.0037-0.09930.8834-0.3550.68841.6540.48880.2107-0.2734-1.6628-0.6006-0.00470.5062-0.0905-0.22730.63470.3390.686215.4195-12.5647102.0961
20.5258-0.7071-0.16180.66420.10670.88781.0155-0.30060.2725-0.1494-0.6416-0.2077-1.4884-0.5795-0.00021.1780.06640.10510.69730.20320.641212.8093-13.1495109.1321
30.948-0.9723-1.41990.73060.56561.8879-0.1333-0.1126-0.06030.5724-0.5477-0.07090.7177-0.0170.00060.61730.09280.06320.59810.04090.471816.2771-12.44384.5784
40.2909-0.91720.41212.5554-1.70823.0444-0.0995-0.39780.39940.3820.17210.0259-0.227-0.3772-0.00030.2790.1696-0.0050.4977-0.0760.336714.146310.13875.2261
55.61382.6161-2.98522.1313-1.60315.97761.11310.51871.73520.6466-0.12770.5767-1.7552-1.29340.16490.49410.0502-0.08780.21660.12580.54138.609131.795159.4192
63.6488-0.57880.74852.2348-3.02463.77920.03970.37360.5159-0.3903-0.3863-0.3271-0.72910.54930.00040.7024-0.1659-0.04720.56970.12880.648556.192433.866453.936
70.5659-0.22310.27990.2038-0.56441.40630.23470.2733-1.2243-0.4735-0.2498-0.12230.37690.18230.00120.6579-0.1474-0.04220.54430.07850.647952.560624.22455.0855
81.2052-0.80221.09823.8127-0.32752.9570.0053-0.13880.51510.3750.20060.7984-0.5135-0.48470.0078-0.06560.2385-0.18720.0638-0.04270.075118.794419.22270.0513
90.01760.2358-0.08930.2118-1.06141.9259-0.1856-0.2201-0.08540.78850.28-0.1969-0.6549-0.4109-0.00080.81620.29570.07690.79180.25720.597112.8934-9.513598.5971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 1:13
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 14:31
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 32:57
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 58:105
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 106:128
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resseq 129:181
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resseq 182:210
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resseq 211:260
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and resseq 261:301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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