PDB-3rqu: Crystal structure of a prokaryotic pentameric ligand-gated ion ch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rqu

タイトル

Crystal structure of a prokaryotic pentameric ligand-gated ion channel, ELIC

要素

ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ion channel / membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya dadantii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.089 Å

データ登録者

Pan, J.J. / Chen, Q. / Yoshida, K. / Cohen, A. / Kong, X.P. / Xu, Y. / Tang, P.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Structure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC cocrystallized with its competitive antagonist acetylcholine.
著者: Pan, J. / Chen, Q. / Willenbring, D. / Yoshida, K. / Tillman, T. / Kashlan, O.B. / Cohen, A. / Kong, X.P. / Xu, Y. / Tang, P.

履歴

登録	2011年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Database references / Other / Structure summary
改定 1.2	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rqu.cif.gz	620 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rqu.ent.gz	512.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rqwC 2vl0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lid-2 4a97-1 5hej-1 5heo-1 2yoe-1 4twh-2 3uq4-2 2yoe-2 4twd-2 5heu-2 2vl0-2 3uq5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

B: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

C: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

D: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

E: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

F: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

G: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

H: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

I: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

J: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

ヘテロ分子

372 kDa, 10 ポリマー
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1

A: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

B: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

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D: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

E: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
186 kDa, 5 ポリマー
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2

F: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

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ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
186 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.289, 266.970, 111.074
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

#1: タンパク質	ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi 分子量: 36879.000 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 22-343 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dickeya dadantii (バクテリア) / 株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SJQ4
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 12% PEG4000, 0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulfate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.087→29.8 Å / Num. obs: 104053 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SSRL	BlueIce	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VL0

2vl0

解像度: 3.089→24.99 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2397	4868	5 %	RANDOM
R_work	0.2091	-	-	-
obs	0.2106	97441	91.52 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.463 Å² / k_sol: 0.272 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	16.8591 Å²	-0 Å²	16.2266 Å²
2-	-	-21.1015 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.2423 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.089→24.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25050	0	209	49	25308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	25918
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.971	35286
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.837	9375
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	3900
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4470

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037
2	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
3	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	D	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
4	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	E	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
5	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	F	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
6	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	G	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
7	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	H	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
8	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	I	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
9	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	J	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0888-3.199	0.3709	395	0.3493	7154	X-RAY DIFFRACTION	71
3.199-3.3268	0.4179	430	0.3342	8457	X-RAY DIFFRACTION	84
3.3268-3.4778	0.339	425	0.2807	8617	X-RAY DIFFRACTION	85
3.4778-3.6607	0.3289	496	0.259	9246	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6607-3.8892	0.2583	524	0.2395	9618	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8892-4.1882	0.2773	487	0.2289	9767	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1882-4.6073	0.2223	526	0.1849	9730	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6073-5.2686	0.1922	557	0.1645	10010	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2686-6.6174	0.2183	523	0.1781	9960	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6174-24.9904	0.1986	505	0.1954	10014	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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