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- PDB-3rq3: Structure of T-cell immunoreceptor with immunoglobulin and ITIM d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rq3
タイトルStructure of T-cell immunoreceptor with immunoglobulin and ITIM domains (TIGIT) in hexagonal crystal form
要素T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune receptor / Ig-domain / adhesion / TIGIT / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell activation / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-10 production / signaling receptor activity / signaling receptor binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell immunoglobulin and ITIM domain receptor / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...T-cell immunoglobulin and ITIM domain receptor / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Rubinstein, R. / Guo, H. / Samanta, D. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of T-cell immunoreceptor with immunoglobulin and ITIM domains (TIGIT) in hexagonal crystal form
著者: Ramagopal, U.A. / Rubinstein, R. / Guo, H. / Samanta, D. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
履歴
登録2011年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
B: T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2053
ポリマ－25,1702
非ポリマー351
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.614, 118.614, 98.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-142-

HOH

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要素

#1: タンパク質 T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 9 / V-set and transmembrane domain-containing protein 3


分子量: 12585.009 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIGIT, VSIG9, VSTM3 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q495A1
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.0M Ammonium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH 5.5, 1% PEG3350, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→37.8 Å / Num. all: 11650 / Num. obs: 11650 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.061 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
2.7-2.7513.95550.841100
2.75-2.8145650.8681000.891
2.8-2.8513.85710.8691000.71
2.85-2.91145620.8281000.596
2.91-2.9713.95760.8681000.502
2.97-3.0413.95640.9131000.416
3.04-3.1213.95670.91000.331
3.12-3.214.15800.9131000.257
3.2-3.3145650.9281000.203
3.3-3.414.15680.9471000.172
3.4-3.5214.15760.9821000.132
3.52-3.6613.95831.0961000.108
3.66-3.8313.95771.1981000.098
3.83-4.0313.95721.311000.088
4.03-4.2913.75961.4621000.079
4.29-4.6213.65821.6061000.074
4.62-5.0813.35931.4191000.06
5.08-5.8112.76041.0561000.055
5.81-7.3213.56240.9081000.048
7.32-5012.16700.78899.30.037

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q0H

3q0h


解像度: 2.7→37.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / WRfactor Rfree: 0.2438 / WRfactor Rwork: 0.1949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.82 / SU B: 20.596 / SU ML: 0.194 / SU R Cruickshank DPI: 0.3732 / SU Rfree: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED. UNKNOWN DENSITY AROUND CYS69 FOUND IN BOTH MOLECULES - NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 536 4.8 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.2082 11255 96.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.59 Å2 / Biso mean: 40.8379 Å2 / Biso min: 16.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.12 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→37.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 1 38 1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0211687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8521.9452306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4625216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.59725.67674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.0115266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.157154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8621.51063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64121723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4143624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8664.5582
LS精密化 シェル解像度: 2.704→2.774 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 31 -
Rwork0.236 539 -
all-570 -
obs--69.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.50470.56710.35953.22082.18223.6086-0.07770.00060.5991-0.27170.0387-0.0106-0.62270.14360.03910.30370.0031-0.08410.22260.02920.140351.999-25.266-6.981
26.7386-0.13650.59992.6871-0.18043.4559-0.0691-0.52880.61170.11520.00810.56-0.3525-0.49940.0610.25390.0624-0.06580.2252-0.10140.306526.862-31.686-9.551
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 129
2X-RAY DIFFRACTION1A138 - 157
3X-RAY DIFFRACTION2B22 - 128
4X-RAY DIFFRACTION2B138
5X-RAY DIFFRACTION2B139 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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