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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rpd | ||||||
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タイトル | The structure of a B12-independent methionine synthase from Shewanella sp. W3-18-1 in complex with Selenomethionine. | ||||||
要素 | Methionine synthase (B12-independent) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / methionine synthase (5-メチルテトラヒドロ葉酸-ホモシステインメチルトランスフェラーゼ) / Zn | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-メチルテトラヒドロプテロイルトリグルタミン酸-ホモシステイン-S-メチルトランスフェラーゼ / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase activity / methionine biosynthetic process / メチル化 / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Shewanella sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Li, H. / Hatzos-Skintges, C. / Tesar, C. / Bearden, J. / Clancy, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: The structure of a B12-independent methionine synthase from Shewanella sp. W3-18-1 in complex with Selenomethionine. 著者: Cuff, M.E. / Li, H. / Hatzos-Skintges, C. / Tesar, C. / Bearden, J. / Clancy, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rpd.cif.gz | 311.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rpd.ent.gz | 262.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rpd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/3rpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/3rpd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40574.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella sp. (バクテリア) / 株: W3-18-1 / 遺伝子: Sputw3181_1250 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A1RHE8, UniProt: A0A6N3J2K5*PLUS, 5-メチルテトラヒドロプテロイルトリグルタミン酸-ホモシステイン-S-メチルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Imidazole:HCl pH 8.0, 1.0M Sodium Citrate Tribasic, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 4.4 % / Av σ(I) over netI: 23.92 / 数: 491490 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.8 / D res high: 1.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 111443 / % possible obs: 99.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 111443 / Num. obs: 111443 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.387 / FOM acentric: 0.4 / FOM centric: 0 / 反射: 47424 / Reflection acentric: 45870 / Reflection centric: 1554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 1.42 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.2 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 45870 / Reflection centric: 1554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 111310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→36.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.188 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0716 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.072 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.229 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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