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- PDB-3rpb: THE C2B-DOMAIN OF RABPHILIN: STRUCTURAL VARIATIONS IN A JANUS-FAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rpb
タイトルTHE C2B-DOMAIN OF RABPHILIN: STRUCTURAL VARIATIONS IN A JANUS-FACED DOMAIN
要素RABPHILIN 3-A
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / C2-DOMAINS / C2B-DOMAIN / RABPHILIN / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


selenium binding / spontaneous neurotransmitter secretion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / cholinergic synapse / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity ...selenium binding / spontaneous neurotransmitter secretion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / cholinergic synapse / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / dendritic spine organization / regulation of NMDA receptor activity / extrinsic component of membrane / synaptic vesicle priming / phosphate ion binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / secretory granule / intracellular protein transport / neuromuscular junction / phospholipid binding / small GTPase binding / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rabphilin-3A / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin ...Rabphilin-3A / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING
データ登録者Ubach, J. / Garcia, J. / Nittler, M.P. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
引用ジャーナル: Nat.Cell Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of the Janus-faced C2B domain of rabphilin.
著者: Ubach, J. / Garcia, J. / Nittler, M.P. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
履歴
登録1999年4月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RABPHILIN 3-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2541
ポリマ－16,2541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -LOWEST OVERALL ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 RABPHILIN 3-A


分子量: 16253.784 Da / 分子数: 1 / 断片: C2B DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P47709

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細内容: 95% WATER/5% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 6.1 / 温度: 304.5 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 / 詳細: TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST OVERALL ENERGY / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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