PDB-3row: Crystal Structure of Xanthomonas campestri OleA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3row

タイトル

Crystal Structure of Xanthomonas campestri OleA

要素

3-oxoacyl-[ACP] synthase III

キーワード

TRANSFERASE / Non-decarboxylative Claisen Condensation

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8487 Å

データ登録者

Goblirsch, B.R. / Wilmot, C.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Xanthomonas campestris OleA Reveal Features That Promote Head-to-Head Condensation of Two Long-Chain Fatty Acids.
著者: Goblirsch, B.R. / Frias, J.A. / Wackett, L.P. / Wilmot, C.M.

履歴

登録	2011年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3row.cif.gz	279.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3row.ent.gz	224.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3row.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3row ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3row	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s1zC 3s20C 3s21C 3s23C 3fk5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kti-d 1i88-1 1i89-1 5vxi-1 5vxh-d 4ktm-d 1i86-1 3s20-d 6dxb-2 3wxz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III

B: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III

74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.204, 85.379, 102.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[ACP] synthase III 分子量: 37306.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 遺伝子: fabH, XCC0212 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8PDX2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 18% PEG 8000, 80 mM potassium phosphate dibasic, 100 mM sodium citrate pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月25日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8487→50 Å / Num. all: 61685 / Num. obs: 61685 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 40.2
反射シェル	解像度: 1.8487→1.88 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FK5

3fk5

解像度: 1.8487→44.006 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1912	3059	5.04 %
R_work	0.1597	-	-
obs	0.1613	60653	97.04 %
all	-	60652	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.481 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7162 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.369 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6528 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8487→44.006 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5087	0	0	594	5681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5352
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	7299
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.932	2018
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	865
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	948

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8487-1.8776	0.2859	123	0.1938	2364	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8776-1.9084	0.2139	133	0.1713	2485	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9084-1.9413	0.2053	137	0.1603	2472	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9413-1.9766	0.2208	140	0.1486	2535	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9766-2.0146	0.1927	132	0.1545	2538	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0146-2.0557	0.1849	135	0.1486	2542	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0557-2.1004	0.1738	142	0.1503	2524	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1004-2.1493	0.1951	127	0.1497	2603	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1493-2.203	0.2014	143	0.1473	2592	X-RAY DIFFRACTION	97
2.203-2.2626	0.2044	139	0.1577	2610	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2626-2.3291	0.2078	135	0.1483	2605	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3291-2.4043	0.1955	137	0.1588	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4043-2.4902	0.1992	153	0.1539	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4902-2.5899	0.2046	136	0.1568	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5899-2.7078	0.1898	139	0.1702	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7078-2.8505	0.2375	145	0.1754	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8505-3.0291	0.1952	139	0.1746	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0291-3.2629	0.2041	139	0.1665	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2629-3.5911	0.1663	145	0.1581	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5911-4.1104	0.1616	145	0.1438	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1104-5.1774	0.177	143	0.1427	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1774-44.0187	0.1851	152	0.1866	2895	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.8539 Å / Origin y: 15.3434 Å / Origin z: -14.3255 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0673 Å²	-0.0021 Å²	-0.0178 Å²	-	0.0766 Å²	-0.0087 Å²	-	-	0.0711 Å²
L	0.2544 °²	-0.1629 °²	-0.0202 °²	-	0.8684 °²	-0.1304 °²	-	-	0.3574 °²
S	0.0383 Å °	0.0311 Å °	-0.0364 Å °	-0.1023 Å °	-0.0233 Å °	0.1043 Å °	0.0106 Å °	-0.0142 Å °	-0.0016 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: (chain 'A') or (chain 'B')

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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