PDB-3rod: Methyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rod

タイトル

Methyltransferase

要素

Nicotinamide N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide N-methyltransferase activity / nicotinamide metabolic process / positive regulation of protein deacetylation / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / Methylation / : / positive regulation of gluconeogenesis / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Peng, Y. / Yee, V.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural basis of substrate recognition in human nicotinamide N-methyltransferase.
著者: Peng, Y. / Sartini, D. / Pozzi, V. / Wilk, D. / Emanuelli, M. / Yee, V.C.

履歴

登録	2011年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rod.cif.gz	212.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rod.ent.gz	169.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rod_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rod_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3rod_validation.xml.gz	50.9 KB	表示
CIF形式データ	3rod_validation.cif.gz	64.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3rod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3rod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iipS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2i62-2 4lny-d 7ble-3 5xvq-2 6jv1-d 7nbq-4 6orr-4 6dkt-3 7bkg-4 3uy8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinamide N-methyltransferase

B: Nicotinamide N-methyltransferase

C: Nicotinamide N-methyltransferase

D: Nicotinamide N-methyltransferase

ヘテロ分子

128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nicotinamide N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nicotinamide N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Nicotinamide N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Nicotinamide N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.663, 61.793, 74.342
Angle α, β, γ (deg.)	106.57, 103.98, 104.14
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nicotinamide N-methyltransferase 分子量: 31466.033 Da / 分子数: 4 / 変異: A100K, A101E, A103E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NNMT / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40261, nicotinamide N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド分子量: 122.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.57 %
結晶化	詳細: 25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS; OR 25- 27% PEG3350, 0.2 M NACL, 0.1M BIS-TRIS OR IMIDAZOLE, PH 5.5 OR 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K PH範囲: 5.5 OR 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月6日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR. LN2 COOLED FIRST CRYSTAL, SAGITTAL FOCUSING 2ND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→39.67 Å / Num. obs: 24960 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 57.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IIP

2iip

解像度: 2.72→39.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.434 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	1272	5.1 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.208	23684	98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.78 Å²	0.09 Å²	0.94 Å²
2-	-	1.43 Å²	0.75 Å²
3-	-	-	1.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→39.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8082	0	140	50	8272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	8406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.678	2.005	11387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.332	5	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.634	24.706	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.776	15	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.878	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.292	0.3	4572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.34	0.5	5835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.5	618
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.359	0.3	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.351	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.285	2	5175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.224	3	8327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.183	2	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.825	3	3060
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.72→2.79 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	82	-
R_work	0.286	1606	-
obs	-	-	89.55 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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