PDB-3rns: Cupin 2 conserved barrel domain protein from Leptotrichia buccalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rns

タイトル

Cupin 2 conserved barrel domain protein from Leptotrichia buccalis

要素

Cupin 2 conserved barrel domain protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / conserved barrel domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Leptotrichia buccalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Cupin 2 conserved barrel domain protein from Leptotrichia buccalis.
著者: Osipiuk, J. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rns.cif.gz	98.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rns.ent.gz	80.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/3rns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/3rns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ftr-d 2i45-3 3mqo-d 5b0f-d 2dct-d 3f44-d 3bb5-1 1n5s-d 3bb5-3 3mqq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100524

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cupin 2 conserved barrel domain protein

ヘテロ分子

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.684, 58.684, 143.542
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Cupin 2 conserved barrel domain protein 分子量: 25672.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptotrichia buccalis (バクテリア) 株: C-1013-b / 遺伝子: Lebu_0116 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7NCX6
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Bis-Tris-Propane:NaOH, 1.8 M sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月9日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.07→35.9 Å / Num. all: 16116 / Num. obs: 16116 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 46.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / Χ²: 1.899 / Net I/σ(I): 9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.07-2.11	10.9	0.892	2.77	792	1.338	100
2.11-2.14	11.8	0.719		754	1.289	100
2.14-2.19	12.4	0.75		827	1.211	100
2.19-2.23	13.2	0.674		747	1.213	100
2.23-2.28	13.4	0.6		792	1.121	100
2.28-2.33	13.7	0.48		782	1.191	100
2.33-2.39	13.7	0.491		791	1.144	100
2.39-2.45	13.6	0.351		796	1.122	100
2.45-2.53	13.7	0.331		792	1.193	100
2.53-2.61	13.6	0.293		777	1.255	100
2.61-2.7	13.7	0.217		805	1.3	100
2.7-2.81	13.6	0.176		808	1.449	100
2.81-2.94	13.6	0.153		805	1.664	100
2.94-3.09	13.6	0.123		799	1.999	100
3.09-3.29	13.5	0.094		799	2.251	100
3.29-3.54	13.3	0.081		807	2.809	100
3.54-3.9	12.9	0.075		827	3.319	100
3.9-4.46	12.6	0.068		826	3.847	100
4.46-5.62	12.1	0.057		854	3.546	100
5.62-50	10.5	0.061		936	3.807	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.07→35.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU B: 8.636 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.151 / 位相誤差: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2081	785	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1717	-	-	-
all	0.1734	15938	-	-
obs	0.1734	15938	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.06 Å² / B_iso mean: 43.4159 Å² / B_iso min: 24.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→35.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1633	0	4	61	1698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.974	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.887	3	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.603	5	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.74	26.31	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.262	15	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.425	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.999	1.5	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.256	1.5	436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.827	2	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.819	3	683
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.585	4.5	623

LS精密化シェル

解像度: 2.067→2.121 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	58	-
R_work	0.235	1053	-
all	-	1111	-
obs	-	1111	96.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 27.8457 Å / Origin y: 6.6124 Å / Origin z: 37.1244 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0765 Å²	0.016 Å²	0.0164 Å²	-	0.0735 Å²	0.0065 Å²	-	-	0.0848 Å²
L	1.0669 °²	-0.1582 °²	-0.1074 °²	-	0.8729 °²	0.1371 °²	-	-	3.8103 °²
S	0.1162 Å °	0.0775 Å °	-0.2132 Å °	-0.04 Å °	-0.077 Å °	0.0115 Å °	0.2372 Å °	-0.1069 Å °	-0.0392 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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