PDB-3rnl: Crystal Structure of Sulfotransferase from Alicyclobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rnl

タイトル

Crystal Structure of Sulfotransferase from Alicyclobacillus acidocaldarius

要素

Sulfotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta-alpha sandwich / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfotransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.752 Å

データ登録者

Kim, Y. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Sulfotransferase from Alicyclobacillus acidocaldarius
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rnl.cif.gz	127.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rnl.ent.gz	105 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rnl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rnl_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rnl_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	3rnl_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	3rnl_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/3rnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/3rnl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3px9-d 2px2-1 6b6k-d 6b4q-d 4b16-d 6a5x-d 3wwx-d 4pnp-d 4mhb-2 2p76-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100333

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulfotransferase

ヘテロ分子

36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.762, 93.850, 110.738
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-455- HOH
2	1	A-538- HOH

#1: タンパク質	Sulfotransferase 分子量: 36154.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア) 株: DSM 446 / 遺伝子: Aaci_0638 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BM21 magic / 参照: UniProt: C8WTE4
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M MES pH 6.5, 10 %(w/v) PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 38389 / Num. obs: 38389 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 17.92 Å² / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1886 / R_sym value: 0.641 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXS		位相決定
MLPHARE		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_690)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BUCCANEER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.752→39.885 Å / SU ML: 0.38 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.82 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.181	1914	4.99 %	random
R_work	0.156	-	-	-
all	0.157	38378	-	-
obs	0.157	38378	99.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.385 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8067 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.1434 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3366 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.752→39.885 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2031	0	14	309	2354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2274
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.261	3090
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.264	876
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	310
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	419

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.7518-1.7956	0.2462	121	0.2498	2522	2643	97
1.7956-1.8441	0.2719	159	0.2183	2551	2710	100
1.8441-1.8984	0.2453	135	0.1878	2574	2709	100
1.8984-1.9596	0.1886	145	0.1571	2571	2716	100
1.9596-2.0297	0.1708	136	0.1498	2583	2719	100
2.0297-2.1109	0.1695	139	0.1391	2561	2700	100
2.1109-2.207	0.1692	132	0.1429	2617	2749	100
2.207-2.3234	0.1575	124	0.1414	2615	2739	100
2.3234-2.4689	0.1756	143	0.1479	2590	2733	100
2.4689-2.6595	0.186	136	0.1564	2586	2722	100
2.6595-2.927	0.1926	123	0.1573	2641	2764	100
2.927-3.3504	0.1756	146	0.1552	2631	2778	100
3.3504-4.2204	0.1568	147	0.1409	2645	2792	100
4.2204-39.8955	0.1803	128	0.1567	2777	2905	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.423	0.7683	0.1344	0.5437	0.4296	2.087	0.0105	0.0365	0.0918	-0.0071	-0.0401	-0.0963	-0.1864	0.165	0.0386	0.136	-0.0295	-0.0217	0.1307	0.0352	0.1518	15.4299	18.0915	42.1028
2	1.9969	0.1137	0.2975	0.7925	-0.4671	1.0446	0.0604	0.1978	-0.0312	-0.1453	-0.1091	-0.1083	0.1397	0.1114	0.0532	0.126	0.0111	0.0283	0.1463	0.0202	0.1119	13.2104	9.9464	27.2973
3	1.2641	0.4527	0.2132	0.9966	0.0053	0.9819	-0.0566	-0.0071	-0.0531	0.0633	-0.0218	-0.1403	0.0207	0.2432	0.0904	0.0803	-0.0036	-0.0035	0.1325	0.0253	0.1025	13.6182	9.5771	41.4429
4	0.5014	-0.4604	0.0425	1.011	-0.377	0.868	-0.039	0.1068	0.15	0.1213	-0.0485	-0.1291	-0.1501	0.0119	0.1238	0.0806	-0.021	-0.0368	0.0972	0.0428	0.1341	3.1253	22.9109	36.0283
5	1.2953	-1.5057	-0.111	2.5077	-0.3513	0.8281	0.0975	0.4602	0.1114	-0.3915	-0.0961	0.1268	-0.0709	-0.1264	-0.0191	0.1361	0.0373	-0.0308	0.2631	0.07	0.1405	-4.1133	23.758	20.3458
6	0.8266	-0.3389	0.0347	0.985	-0.4105	1.2613	0.0007	0.1154	0.0428	0.0019	-0.0727	0.0678	-0.0125	-0.0447	0.0327	0.0776	-0.0219	-0.0167	0.0969	0.0093	0.1094	-1.414	13.9526	33.6723
7	1.5295	0.4222	0.5161	1.5722	0.2213	1.3794	-0.0484	-0.1182	0.2366	0.2088	-0.0696	0.1287	-0.2224	-0.0119	0.057	0.1779	-0.0023	-0.0027	0.0995	-0.0141	0.1225	5.9593	21.7969	51.115
8	2.0596	0.6104	1.2348	0.354	0.3744	0.7359	-0.2894	0.1207	0.7187	0.2075	-0.0336	-0.1848	-0.421	0.0267	0.2749	0.2508	-0.0341	-0.0091	0.1816	0.0417	0.2829	9.4806	29.9969	45.1031
9	0.7521	-0.3805	0.0959	2.2168	-0.7305	1.2241	-0.1535	-0.0849	-0.0146	0.398	0.262	0.348	-0.3601	-0.2964	-0.1051	0.1496	0.027	0.0135	0.1482	0.0307	0.1451	-10.8415	23.5247	40.9245

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 3:40)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 41:74)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 75:103)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 104:129)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 130:149)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 150:176)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 177:203)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 204:269)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 270:300)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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