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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rng | ||||||
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タイトル | Structure of the Toluene/o-Xylene Monooxygenase Hydroxylase T201S/W167E Double Mutant | ||||||
![]() | (Toluene o-xylene monooxygenase ...) x 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / toluene / hydroxylase / four-helix bundle / diiron / oxygen pathway | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / : / monooxygenase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gucinski, G. / Song, W.J. / Lippard, S.J. / Sazinsky, M.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tracking a defined route for O2 migration in a dioxygen-activating diiron enzyme. 著者: Song, W.J. / Gucinski, G. / Sazinsky, M.H. / Lippard, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
-Toluene o-xylene monooxygenase ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 57715.586 Da / 分子数: 1 / 変異: T201S,W167E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: touA / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6IV66, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
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#2: タンパク質 | 分子量: 38381.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: touE / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6IV62, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
#3: タンパク質 | 分子量: 9986.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: touB / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6IV65, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
-非ポリマー , 3種, 50分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/OH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, 2.1 mM ammonium sulfate, 2% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→45.658 Å / Num. all: 29390 / Num. obs: 29390 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 26.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.88 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2INC 解像度: 2.81→45.658 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 14.734 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.299 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→45.658 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.806→2.879 Å / Total num. of bins used: 20
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