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- PDB-3rnd: W116I-OYE1 complexed with 2-(Hydroxymethyl)-cyclopent-2-enone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rnd
タイトルW116I-OYE1 complexed with 2-(Hydroxymethyl)-cyclopent-2-enone
要素NADPH dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM Barrel / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-1-one / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADPH dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces pastorianus (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Pompeu, Y.A. / Stewart, J.D.
引用ジャーナル: ACS Catalysis / 年: 2011
タイトル: Biocatalytic Reductions of Baylis-Hillman Adducts
著者: Walton, A.Z. / Conerly, W.C. / Pompeu, Y.A. / Sullivan, B.T. / Stewart, J.D.
履歴
登録2011年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Derived calculations
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4845
ポリマ－44,8671
非ポリマー6174
水7,170398
1
A: NADPH dehydrogenase 1
ヘテロ分子

A: NADPH dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,96910
ポリマ－89,7352
非ポリマー1,2348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)141.180, 141.180, 42.789
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

MG

21A-405-

HOH

31A-748-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NADPH dehydrogenase 1 / Old yellow enzyme 1


分子量: 44867.395 Da / 分子数: 1 / 変異: W116I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces pastorianus (酵母) / 遺伝子: OYE1 / プラスミド: pET-3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q02899, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-3RN / 2-(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-1-one / 2-(ヒドロキシメチル)-2-シクロペンテン-1-オン


分子量: 112.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1M hepes, 35% PEG 400, 0.2M Mg2Cl2, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→50 Å / Num. obs: 585768 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OYA

1oya


解像度: 1.4→44.645 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1684 8432 10 %random
Rwork0.15 ---
all0.1519 85421 --
obs0.151 84304 98.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→44.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3172 0 41 398 3611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1364599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.631261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4001-1.4160.21962590.19632368X-RAY DIFFRACTION93
1.416-1.43260.20622690.17342390X-RAY DIFFRACTION95
1.4326-1.45010.19512720.16242415X-RAY DIFFRACTION96
1.4501-1.46850.19392710.16212438X-RAY DIFFRACTION96
1.4685-1.48780.17732750.14272464X-RAY DIFFRACTION98
1.4878-1.50820.18452760.13692453X-RAY DIFFRACTION98
1.5082-1.52970.18132760.13172477X-RAY DIFFRACTION97
1.5297-1.55250.17032750.12622472X-RAY DIFFRACTION98
1.5525-1.57680.17532750.12352480X-RAY DIFFRACTION98
1.5768-1.60270.15842770.11052496X-RAY DIFFRACTION99
1.6027-1.63030.15632740.11442496X-RAY DIFFRACTION99
1.6303-1.65990.14922820.10972537X-RAY DIFFRACTION99
1.6599-1.69190.15412780.11342492X-RAY DIFFRACTION99
1.6919-1.72640.15042780.10722513X-RAY DIFFRACTION99
1.7264-1.76390.14912810.10832547X-RAY DIFFRACTION99
1.7639-1.8050.13962810.11582537X-RAY DIFFRACTION100
1.805-1.85010.1672810.12052532X-RAY DIFFRACTION100
1.8501-1.90010.14032820.12172537X-RAY DIFFRACTION100
1.9001-1.95610.15322830.12892553X-RAY DIFFRACTION100
1.9561-2.01920.15522850.13592563X-RAY DIFFRACTION100
2.0192-2.09140.16922820.13912529X-RAY DIFFRACTION100
2.0914-2.17510.15662870.14162580X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.27410.15912850.14412567X-RAY DIFFRACTION100
2.2741-2.3940.16092850.1442577X-RAY DIFFRACTION100
2.394-2.54390.17012870.15212585X-RAY DIFFRACTION100
2.5439-2.74030.18622870.15852577X-RAY DIFFRACTION100
2.7403-3.01610.16592910.16852614X-RAY DIFFRACTION100
3.0161-3.45230.16542900.17512613X-RAY DIFFRACTION100
3.4523-4.3490.15912960.15452666X-RAY DIFFRACTION100
4.349-44.66770.20413120.18712804X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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