PDB-3rnd: W116I-OYE1 complexed with 2-(Hydroxymethyl)-cyclopent-2-enone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rnd

タイトル

W116I-OYE1 complexed with 2-(Hydroxymethyl)-cyclopent-2-enone

要素

NADPH dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TIM Barrel / NADPH

機能・相同性

機能・相同性情報

: / NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces pastorianus (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Pompeu, Y.A. / Stewart, J.D.

引用

ジャーナル: ACS Catalysis / 年: 2011
タイトル: Biocatalytic Reductions of Baylis-Hillman Adducts
著者: Walton, A.Z. / Conerly, W.C. / Pompeu, Y.A. / Sullivan, B.T. / Stewart, J.D.

履歴

登録	2011年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月17日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rnd.cif.gz	105.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rnd.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rnd_validation.pdf.gz	779.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rnd_full_validation.pdf.gz	783.3 KB	表示
XML形式データ	3rnd_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	3rnd_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/3rnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/3rnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oyaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tx9-1 4k7y-1 4k8h-1 4k7v-1 4h6k-1 4h4i-1 4ge8-1 1oyc-1 4gbu-1 4k8e-1 1oya-1 5v4p-3 4tmb-2 4rnw-d 4tmc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

A: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
91 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.180, 141.180, 42.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-403- MG
2	1	A-405- HOH
3	1	A-748- HOH

#1: タンパク質	NADPH dehydrogenase 1 / Old yellow enzyme 1 分子量: 44867.395 Da / 分子数: 1 / 変異: W116I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces pastorianus (酵母) / 遺伝子: OYE1 / プラスミド: pET-3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q02899, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-3RN / 2-(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-1-one / 2-(ヒドロキシメチル)-2-シクロペンテン-1-オン分子量: 112.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.1M hepes, 35% PEG 400, 0.2M Mg2Cl2, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月12日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→50 Å / Num. obs: 585768 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 18

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OYA

1oya

解像度: 1.4→44.645 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1684	8432	10 %	random
R_work	0.15	-	-	-
all	0.1519	85421	-	-
obs	0.151	84304	98.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→44.645 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3172	0	41	398	3611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.136	4599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.63	1261
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	603

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4001-1.416	0.2196	259	0.1963	2368	X-RAY DIFFRACTION	93
1.416-1.4326	0.2062	269	0.1734	2390	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4326-1.4501	0.1951	272	0.1624	2415	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4501-1.4685	0.1939	271	0.1621	2438	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4685-1.4878	0.1773	275	0.1427	2464	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4878-1.5082	0.1845	276	0.1369	2453	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5082-1.5297	0.1813	276	0.1317	2477	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5297-1.5525	0.1703	275	0.1262	2472	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5525-1.5768	0.1753	275	0.1235	2480	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5768-1.6027	0.1584	277	0.1105	2496	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6027-1.6303	0.1563	274	0.1144	2496	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6303-1.6599	0.1492	282	0.1097	2537	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6599-1.6919	0.1541	278	0.1134	2492	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6919-1.7264	0.1504	278	0.1072	2513	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7264-1.7639	0.1491	281	0.1083	2547	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7639-1.805	0.1396	281	0.1158	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.805-1.8501	0.167	281	0.1205	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8501-1.9001	0.1403	282	0.1217	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9001-1.9561	0.1532	283	0.1289	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9561-2.0192	0.1552	285	0.1359	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0192-2.0914	0.1692	282	0.1391	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0914-2.1751	0.1566	287	0.1416	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2741	0.1591	285	0.1441	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2741-2.394	0.1609	285	0.144	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.394-2.5439	0.1701	287	0.1521	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5439-2.7403	0.1862	287	0.1585	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7403-3.0161	0.1659	291	0.1685	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0161-3.4523	0.1654	290	0.1751	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4523-4.349	0.1591	296	0.1545	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.349-44.6677	0.2041	312	0.1871	2804	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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