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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rnb | ||||||
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タイトル | Structure of the Toluene/o-Xylene Monooxygenase Hydroxylase T201S/F176W Double Mutant | ||||||
要素 | (Toluene o-xylene monooxygenase ...) x 3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / toluene / hydroxylase / four-helix bundle / diiron / oxygen pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / : / monooxygenase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas sp. OX1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å | ||||||
データ登録者 | Gucinski, G. / Song, W.J. / Lippard, S.J. / Sazinsky, M.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Tracking a defined route for O2 migration in a dioxygen-activating diiron enzyme. 著者: Song, W.J. / Gucinski, G. / Sazinsky, M.H. / Lippard, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rnb.cif.gz | 197.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rnb.ent.gz | 154.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rnb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3rnb_validation.pdf.gz | 465.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3rnb_full_validation.pdf.gz | 476.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3rnb_validation.xml.gz | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3rnb_validation.cif.gz | 47.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/3rnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/3rnb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-Toluene o-xylene monooxygenase ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 57811.719 Da / 分子数: 1 / 変異: T201S,F176W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. OX1 (バクテリア) 遺伝子: touA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6IV66, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
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#2: タンパク質 | 分子量: 38381.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. OX1 (バクテリア) 遺伝子: touE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6IV62, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
#3: タンパク質 | 分子量: 9986.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. OX1 (バクテリア) 遺伝子: touB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6IV65, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
-非ポリマー , 4種, 155分子
#4: 化合物 | ChemComp-OH / | ||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, 2.1 mM ammonium sulfate, 2% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.64→44.994 Å / Num. all: 36462 / Num. obs: 36462 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.64→2.71 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.366 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2INC 解像度: 2.64→44.994 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.489 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.519 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.868 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.64→44.994 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.643→2.712 Å / Total num. of bins used: 20
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