PDB-3rmt: Crystal structure of putative 5-enolpyruvoylshikimate-3-phosphate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rmt

タイトル

Crystal structure of putative 5-enolpyruvoylshikimate-3-phosphate synthase from Bacillus halodurans C-125

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Seidel, R. / Ramagopal, U. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative 5-enolpyruvoylshikimate-3-phosphate synthase from Bacillus halodurans C-125
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Seidel, R. / Ramagopal, U. / Zencheck, W. / Almo, S.C.

履歴

登録	2011年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年6月4日	Group: Data collection
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rmt.cif.gz	653.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rmt.ent.gz	547.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rmt_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rmt_full_validation.pdf.gz	527.8 KB	表示
XML形式データ	3rmt_validation.xml.gz	61.4 KB	表示
CIF形式データ	3rmt_validation.cif.gz	83.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/3rmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/3rmt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rf4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6de2-1 5ufl-d 6fxh-1 5opo-1 6de3-1 6ddx-1 6fir-1 5opm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGRC-000310

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (9)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1

C: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1

D: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1

ヘテロ分子

197 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1

ヘテロ分子

C: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1

D: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
197 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.856, 140.748, 193.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1 / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase 1 / EPSP synthase 1 / EPSPS 1 分子量: 48595.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 株: C-125 / 遺伝子: aroA1, aroE, BAB05386.1, BH1667 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL 参照: UniProt: Q9KCA6, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2.0 M amm. sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 59796 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
2.8-2.85	6.6	1	96.5
2.85-2.9	6.7	1	98.5
2.9-2.96	6.9	1	99.4
2.96-3.02	7.1	1	99.8	0.886
3.02-3.08	7.3	1	99.9	0.728
3.08-3.15	7.3	1	100	0.59
3.15-3.23	7.3	1	100	0.464
3.23-3.32	7.3	1	100	0.39
3.32-3.42	7.2	1	100	0.277
3.42-3.53	7.3	1	100	0.224
3.53-3.65	7.2	1	100	0.192
3.65-3.8	7.1	1	100	0.145
3.8-3.97	7.1	1	100	0.123
3.97-4.18	7.1	1	100	0.102
4.18-4.44	7	1	100	0.082
4.44-4.79	7.1	1	100	0.073
4.79-5.27	7.1	1	100	0.064
5.27-6.03	6.9	1	100	0.066
6.03-7.59	7.3	1	100	0.053
7.59-50	7.1	1	100	0.03

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 53.54 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.8 Å	48.79 Å
Translation	2.8 Å	48.79 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RF4

1rf4

解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 42.144 / SU ML: 0.355 / SU R Cruickshank DPI: 1.1168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.117 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28626	2998	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22232	-	-	-
obs	0.22551	56315	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.057 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12789	0	145	93	13027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	13085
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.207	1.991	17722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.58	5	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.819	24.54	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.855	15	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.101	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	9429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.58	3.5	8521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.584	50	13750
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.841	50	4564
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.428	4.5	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	215	-
R_work	0.349	3910	-
obs	-	-	96.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7281	-0.2171	0.6249	1.5532	-1.0491	3.0791	-0.1222	-0.215	-0.121	-0.062	0.1555	0.1649	0.0636	-0.5112	-0.0334	0.0377	0.0144	-0.0086	0.1057	0.026	0.1875	0.0289	-42.6951	24.6391
2	1.3296	0.3991	0.4792	0.865	0.5124	2.8736	-0.1499	0.1624	0.0398	-0.1563	0.0506	-0.0828	-0.1074	0.4091	0.0994	0.1376	-0.0187	0.0452	0.0688	0.0325	0.2039	37.0717	-47.4596	15.6589
3	1.2132	-0.4063	-1.3315	1.4292	1.2667	3.3079	0.0574	-0.1465	-0.0271	0.1263	0.1126	0.0063	0.0302	0.4211	-0.17	0.1798	-0.1117	-0.074	0.2154	-0.0513	0.1273	27.2194	-77.3499	-22.8764
4	2.3024	0.1822	0.7287	0.9973	0.3762	3.9292	0.1787	-0.5081	-0.2662	0.3533	-0.2274	0.0737	0.4898	-0.5516	0.0487	0.2971	-0.2223	0.0738	0.2372	0.0143	0.2064	-1.1293	-103.0582	-26.97

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 440
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	501
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 438
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 440
5	X-RAY DIFFRACTION	4	C	441
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 440

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