PDB-3rkr: Crystal structure of a metagenomic short-chain oxidoreductase (SD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rkr

タイトル

Crystal structure of a metagenomic short-chain oxidoreductase (SDR) in complex with NADP

要素

Short chain oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium Bio5 (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Mayerhofer, H. / Bijtenhoorn, P. / Streit, W.R. / Mueller-Dieckmann, J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: A novel metagenomic short-chain dehydrogenase/reductase attenuates Pseudomonas aeruginosa biofilm formation and virulence on Caenorhabditis elegans.
著者: Bijtenhoorn, P. / Mayerhofer, H. / Muller-Dieckmann, J. / Utpatel, C. / Schipper, C. / Hornung, C. / Szesny, M. / Grond, S. / Thurmer, A. / Brzuszkiewicz, E. / Daniel, R. / Dierking, K. / ...

履歴

登録	2011年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rkr.cif.gz	340.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rkr.ent.gz	281.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rkr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rkr_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rkr_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	3rkr_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	3rkr_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ehdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ehd-2 3edm-d 3tfo-d 5zmd-2 3v2h-1 4cv2-1 5xtg-1 5zmd-1 4i5f-1 4i5g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Short chain oxidoreductase

B: Short chain oxidoreductase

C: Short chain oxidoreductase

D: Short chain oxidoreductase

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short chain oxidoreductase

D: Short chain oxidoreductase

ヘテロ分子

A: Short chain oxidoreductase

D: Short chain oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Short chain oxidoreductase

C: Short chain oxidoreductase

ヘテロ分子

B: Short chain oxidoreductase

C: Short chain oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	243.167, 243.167, 151.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Short chain oxidoreductase 分子量: 27429.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) uncultured bacterium Bio5 (環境試料) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21pLysE 参照: UniProt: B2BKB1, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M citric acid, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月18日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→47.7 Å / Num. all: 86188 / Num. obs: 85393 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 %
反射シェル	解像度: 2.42→2.55 Å / 冗長度: 5.1 % / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EHD

2ehd

解像度: 2.42→47.418 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2225	4347	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1924	-	-	-
obs	0.1939	85193	99.17 %	-
all	-	86188	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.174 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.0909 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.0909 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.1818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→47.418 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6432	0	127	248	6807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	6646
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.624	9053
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.456	2311
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	1078
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1149

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.4475	0.3432	138	0.3139	2507	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4475-2.4763	0.3151	157	0.2835	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4763-2.5065	0.3125	151	0.284	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5065-2.5382	0.3339	146	0.31	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5382-2.5716	0.2998	148	0.2908	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5716-2.6068	0.3067	140	0.2627	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6068-2.6441	0.311	143	0.2369	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6441-2.6835	0.249	141	0.2282	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6835-2.7255	0.2575	155	0.2274	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7255-2.7702	0.2554	122	0.2319	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7702-2.8179	0.2622	153	0.2138	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8179-2.8691	0.288	154	0.2205	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8691-2.9243	0.2587	159	0.214	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9243-2.984	0.2618	148	0.2201	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.984-3.0489	0.2498	150	0.2134	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0489-3.1198	0.2465	146	0.2098	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1198-3.1978	0.247	139	0.22	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1978-3.2842	0.2472	145	0.2075	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2842-3.3808	0.2113	137	0.2024	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3808-3.4899	0.2362	130	0.1887	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4899-3.6146	0.2032	131	0.18	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6146-3.7593	0.2078	148	0.1812	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7593-3.9303	0.204	129	0.176	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9303-4.1374	0.2079	139	0.1661	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1374-4.3965	0.1843	156	0.1567	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3965-4.7356	0.1646	145	0.1395	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7356-5.2117	0.1547	148	0.1485	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2117-5.9645	0.2044	154	0.1807	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9645-7.5099	0.2237	155	0.2059	2751	X-RAY DIFFRACTION	98
7.5099-47.4269	0.2352	140	0.1956	2813	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3501	-0.2847	0.5478	0.5325	-0.2484	1.0024	-0.1964	-0.2805	0.5386	-0.0159	-0.0395	0.491	-0.5084	-0.4933	0.0945	0.4032	0.1008	-0.0659	0.4934	0.0257	0.6082	25.4211	-57.5366	-42.6598
2	0.8714	0.0753	0.3981	0.7927	-0.3103	0.7956	-0.0559	0.2046	0.0051	0.165	0.0036	0.1487	-0.0791	-0.0063	0.0174	0.2837	-0.0149	-0.0543	0.3143	0.055	0.3603	37.7069	-69.1987	-42.5909
3	0.8648	0.0018	0.4158	0.6191	-0.391	0.7234	-0.1923	0.0908	0.5973	0.147	-0.0866	0.2285	-0.7075	0.1685	0.1597	0.5013	-0.0641	-0.1253	0.4143	0.0671	0.5338	42.9743	-53.9148	-43.6069
4	0.4885	0.3868	0.1084	0.8955	0.2054	0.6495	-0.0457	0.2006	-0.8363	-0.1901	0.2753	-0.3713	0.3672	0.4786	0.0774	0.262	0.1413	-0.0452	0.527	0.0131	0.6413	31.4208	-92.2674	-67.0433
5	1.0114	0.0058	-0.1228	0.3086	-0.178	0.9229	-0.1288	-0.0078	-0.1847	0.0907	0.0953	0.0428	0.0379	0.1247	0.0063	0.2394	0.0476	-0.0394	0.4303	0.0187	0.4201	17.2399	-84.669	-62.002
6	0.5698	0.127	0.17	0.3438	0.189	0.5155	-0.2399	0.5042	-0.4885	-0.5049	0.2609	-0.5413	0.1429	0.3168	0.0066	0.2923	-0.0107	-0.0326	0.524	-0.0872	0.5087	17.5844	-87.1974	-78.2527
7	0.8246	-0.1941	-0.1473	0.2682	0.0411	0.4839	-0.165	-0.4441	0.1775	0.2174	0.2672	0.4027	-0.2226	-0.16	-0.0307	0.2928	0.1323	0.0707	0.6111	-0.0116	0.4416	-18.2046	-76.2838	-48.7824
8	1.405	0.0419	-0.024	0.7349	0.028	0.4749	-0.1619	-0.94	-0.0602	0.465	0.2018	0.3255	0.1754	0.0931	-0.0292	0.5027	0.2388	0.0623	0.8656	0.1068	0.388	-10.8562	-83.4026	-42.3038
9	1.6038	0.048	0.2248	0.2405	-0.0458	0.3925	-0.1986	-0.1438	0.0663	0.0102	0.1376	0.1424	0.0035	0.0203	0.0058	0.2594	0.051	-0.003	0.4735	0.0617	0.3927	-2.2094	-83.9335	-57.3089
10	1.2429	-0.0373	0.0261	0.1738	-0.074	0.3054	-0.0336	0.4027	0.2376	0.1756	0.2009	0.3598	-0.1217	0.121	0.0018	0.3102	0.0028	0.008	0.5324	0.1283	0.4569	-10.1167	-79.744	-66.4574
11	1.4467	-0.1017	-0.1472	0.3041	0.03	0.3428	-0.1405	0.082	0.2365	0.1766	0.2774	0.3472	-0.1765	-0.4101	-0.0199	0.3143	0.039	0.0044	0.5613	0.0997	0.4879	-17.5122	-82.0664	-65.9466
12	0.54	-0.1861	-0.3153	0.5028	0.2094	1.3295	-0.0595	0.4943	0.9943	-0.4347	0.5295	0.4517	-0.8689	-0.0311	0.6215	0.8235	-0.1383	-0.1448	0.5068	0.4502	0.7444	58.7307	-32.2303	-50.5347
13	1.335	0.8884	0.0787	0.7184	-0.1018	0.5327	-0.0643	0.2662	0.1677	0.0412	0.0726	0.1948	-0.2861	0.0441	-0.0306	0.4336	-0.1293	-0.0699	0.3868	0.0872	0.3651	65.6196	-46.9571	-41.103
14	0.9141	0.6955	0.1384	1.0402	-0.3142	0.4205	-0.286	0.4933	0.3337	-0.1424	0.1287	0.5383	-0.4156	-0.3666	-0.0013	0.5263	-0.1207	-0.1248	0.5266	0.0998	0.5151	50.4615	-49.2606	-47.4005

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 2:52)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 53:177)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 178:237)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 2:52)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 53:177)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 178:237)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 2:52)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 53:81)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 82:177)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 178:208)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESSEQ 209:237)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 2:89)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 90:177)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'D' AND (RESSEQ 178:238)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)