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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rkf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of guanine riboswitch C61U/G37A double mutant bound to thio-guanine | ||||||
![]() | Guanine riboswitch | ||||||
![]() | RNA / three-way junction / riboswitch / m-RNA / thioguanine | ||||||
機能・相同性 | 2-amino-1,9-dihydro-6H-purine-6-thione / COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Buck, J. / Wacker, A. / Warkentin, E. / Woehnert, J. / Wirmer-Bartoschek, J. / Schwalbe, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Influence of ground-state structure and Mg2+ binding on folding kinetics of the guanine-sensing riboswitch aptamer domain. 著者: Buck, J. / Wacker, A. / Warkentin, E. / Wohnert, J. / Wirmer-Bartoschek, J. / Schwalbe, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1u8d S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 21523.766 Da / 分子数: 4 / 変異: C61U G37A / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-DX4 / #3: 化合物 | ChemComp-NCO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5mM K+ - HEPES, 12mM [Co(NH3)6]3+, 25% polyethylene glycol 4000, 450mM ammonium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.02 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→44.64 Å / Num. all: 67756 / Num. obs: 26059 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 82.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1u8d ![]() 1u8d 解像度: 2.5→44.638 Å / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.98 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.729 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.638 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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