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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rkc | ||||||
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タイトル | Hepatitis E Virus Capsid Protein E2s Domain (genotype IV) | ||||||
要素 | Capsid protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Viral Capsid Protein | ||||||
機能・相同性 | : / : / Structural protein 2 second domain / Structural protein 2 C-terminal domain / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding / Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Tang, X.H. / Sivaraman, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Structural basis for the neutralization and genotype specificity of hepatitis E virus 著者: Tang, X.H. / Yang, C.Y. / Gu, Y. / Song, C.L. / Zhang, X. / Wang, Y.B. / Zhang, J. / Hew, C.L. / Li, S.W. / Xia, N.S. / Sivaraman, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rkc.cif.gz | 80.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rkc.ent.gz | 59.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rkc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3rkc_validation.pdf.gz | 431 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3rkc_full_validation.pdf.gz | 432.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3rkc_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3rkc_validation.cif.gz | 29.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15988.812 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 93-240 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス) プラスミド: pTO-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: D3VV84 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris, 20% PEG 10000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 26223 / Num. obs: 26223 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3GGQ 解像度: 1.79→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 49.6549 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.3327 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→20 Å
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拘束条件 |
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