PDB-3rkc: Hepatitis E Virus Capsid Protein E2s Domain (genotype IV)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rkc

タイトル

Hepatitis E Virus Capsid Protein E2s Domain (genotype IV)

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Viral Capsid Protein

機能・相同性

: / Structural protein 2 second domain / : / Structural protein 2 C-terminal domain / viral capsid / identical protein binding / Capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Tang, X.H. / Sivaraman, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the neutralization and genotype specificity of hepatitis E virus
著者: Tang, X.H. / Yang, C.Y. / Gu, Y. / Song, C.L. / Zhang, X. / Wang, Y.B. / Zhang, J. / Hew, C.L. / Li, S.W. / Xia, N.S. / Sivaraman, J.

履歴

登録	2011年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rkc.cif.gz	80.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rkc.ent.gz	59.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rkc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rkc_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rkc_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	3rkc_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	3rkc_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rkdC 3ggqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pox-1 2w1e-d 4dhf-1 6cpf-d 6cd6-1 4c3f-d 5os4-d 2cm2-d 5xy1-d 5uor-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

32 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.714, 66.533, 49.721
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 15988.812 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 93-240 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス) プラスミド: pTO-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: D3VV84
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris, 20% PEG 10000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 26223 / Num. obs: 26223 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GGQ

3ggq

解像度: 1.79→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1919	2432	9.3 %	RANDOM
R_work	0.1548	-	-	-
all	-	26281	-	-
obs	-	24882	-	-

溶媒の処理

B_sol: 49.6549 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.3327 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.089 Å²	0 Å²	0.786 Å²
2-	-	1.301 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.788 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2240	0	0	567	2807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.736

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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