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万見
- PDB-3rjs: Crystal structure of Dynein Light Chain 8a (DLC8) from Toxoplasma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rjs
タイトルCrystal structure of Dynein Light Chain 8a (DLC8) from Toxoplasma gondii at 1.5 A resolution
要素Dynein light chain motor protein
キーワードMOTOR PROTEIN / Parasite / dynein light chain / LC8 / DLC8 / TgDLC8 / DYNEIN / LIGHT CHAIN / PIN / DLC1 / DYNLL1 / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / microtubule-based process / microtubule / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Qureshi, B. / Hoehne, W. / Scheerer, P.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2013
タイトル: Dynein light chain 8a of Toxoplasma gondii, a unique conoid-localized beta-strand-swapped homodimer, is required for an efficient parasite growth.
著者: Qureshi, B.M. / Hofmann, N.E. / Arroyo-Olarte, R.D. / Nickl, B. / Hoehne, W. / Jungblut, P.R. / Lucius, R. / Scheerer, P. / Gupta, N.
履歴
登録2011年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain motor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3181
ポリマ－10,3181
非ポリマー00
水2,036113
1
A: Dynein light chain motor protein

A: Dynein light chain motor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6352
ポリマ－20,6352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.025, 75.025, 85.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-175-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain motor protein


分子量: 10317.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1YTN0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 295 K / pH: 4.6
詳細: 16% polyethylene glycol 4000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M CH3COONa, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL - DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→51.62 Å / Num. obs: 14931 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 46
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1060精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CMI

1cmi


解像度: 1.5→18.756 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 754 5.05 %
Rwork0.1926 --
obs0.1938 14929 99.87 %
all-14921 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.147 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å2-0.16 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0 Å0 Å
Luzzati d res low-0 Å
Luzzati sigma a0 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数714 0 0 113 827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.151035
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.613278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.61580.30041490.24162799X-RAY DIFFRACTION100
1.6158-1.77830.21351830.21482775X-RAY DIFFRACTION100
1.7783-2.03530.22191420.19932830X-RAY DIFFRACTION100
2.0353-2.56330.20781460.19462840X-RAY DIFFRACTION100
2.5633-18.75770.20991340.17762931X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83970.21990.29341.73430.25680.52270.1527-0.1518-0.2679-0.0245-0.04480.08280.2608-0.0004-0.03080.53620.0586-0.11520.13140.02340.055423.165914.5167-8.9376
22.62320.1486-0.27422.7461-0.35821.82070.11590.0253-0.3402-0.3372-0.11630.18390.26250.26330.02470.16090.0617-0.03650.14030.01730.148625.966915.99563.3338
31.2398-0.58940.23480.7679-0.15991.24770.27610.1113-0.329-0.3331-0.08350.22350.21810.16210.06630.16840.0259-0.07670.079-0.00760.175719.456822.3133-3.521
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 50 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 51 through 89 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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