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- PDB-3rjl: Crystal structure of 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rjl
タイトルCrystal structure of 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Bacillus licheniformis (Target NYSGRC-000337)
要素1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PROLINE OXIDATION / REDOX CONTROL / APOPTOSIS / NAD BINDING / PSI-BIOLOGY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM (NYSGRC)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / glutamate biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Foti, R. / Seidel, R.D. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase from Bacillus Licheniformis
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Foti, R. / Seidel, R.D. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
B: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
C: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
D: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
E: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
F: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
G: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
H: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,13163
ポリマ－476,3758
非ポリマー5,75655
水12,124673
1
A: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,61811
ポリマ－59,5471
非ポリマー1,07110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0566
ポリマ－59,5471
非ポリマー5095
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,78312
ポリマ－59,5471
非ポリマー1,23711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1687
ポリマ－59,5471
非ポリマー6216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2278
ポリマ－59,5471
非ポリマー6807
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1157
ポリマ－59,5471
非ポリマー5686
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2217
ポリマ－59,5471
非ポリマー6746
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9435
ポリマ－59,5471
非ポリマー3964
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
A: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子

D: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,78618
ポリマ－119,0942
非ポリマー1,69216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area35690 Å2
手法PISA
10
B: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子

C: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,83918
ポリマ－119,0942
非ポリマー1,74516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area6900 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area35760 Å2
手法PISA
11
E: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子

G: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,44815
ポリマ－119,0942
非ポリマー1,35513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_446-x-1,y-1/2,-z+11
Buried area6450 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area35620 Å2
手法PISA
12
F: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子

H: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,05812
ポリマ－119,0942
非ポリマー96410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,y-1/2,-z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area35770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.267, 116.114, 181.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1PROPROAA4 - 5164 - 516
2THRTHRBB3 - 5163 - 516
3PROPROCC4 - 5164 - 516
4PROPRODD4 - 5164 - 516
5PROPROEE4 - 5164 - 516
6PROPROFF4 - 5164 - 516
7PROPROGG4 - 5164 - 516
8PROPROHH4 - 5164 - 516

-
要素

#1: タンパク質
1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / P5C dehydrogenase


分子量: 59546.922 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
株: ATCC 14580, DSM 13 / 遺伝子: rocA, BLi00374, BL01710 / プラスミド: PET30A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65NN2, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物...
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 200MM CADMIUM CHLORIDE, 30% PEG400, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 217382 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.083 Å2 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QAN

3qan


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 10.516 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29218 5701 3 %RANDOM
Rwork0.22225 ---
obs0.22433 182882 86.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.82 Å20 Å2-0.2 Å2
2---4.04 Å20 Å2
3----1.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31754 0 79 673 32506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02232540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.95144062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.78454123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.32724.7481489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.844155478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.53615159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.24844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02124875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.039220439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.625332927
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.561412101
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.685711123
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3919 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.420.5
Bmedium positional0.40.5
Cmedium positional0.390.5
Dmedium positional0.380.5
Emedium positional0.360.5
Fmedium positional0.410.5
Gmedium positional0.340.5
Hmedium positional0.390.5
Amedium thermal6.225
Bmedium thermal5.735
Cmedium thermal5.65
Dmedium thermal6.065
Emedium thermal5.865
Fmedium thermal6.455
Gmedium thermal5.975
Hmedium thermal5.765
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 395 -
Rwork0.373 12562 -
obs--81.96 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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