[日本語] English
万見
- PDB-3rja: Crystal structure of carbohydrate oxidase from Microdochium nival... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rja
タイトルCrystal structure of carbohydrate oxidase from Microdochium nivale in complex with substrate analogue
要素Carbohydrate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-substrate analogue complex / FAD binding domain / berberine and berberine-like domain / glucooligosaccharide oxidase / FAD Binding / Carbohydrate/Sugar Binding / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


hexose oxidase / glucose oxidase activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / FAD binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. ...Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ABL / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Carbohydrate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Microdochium nivale (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Duskova, J. / Skalova, T. / Kolenko, P. / Stepankova, A. / Koval, T. / Hasek, J. / Ostergaard, L.H. / Fuglsang, C.C. / Dohnalek, J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and kinetic studies of carbohydrate oxidase from Microdochium nivale
著者: Duskova, J. / Skalova, T. / Kolenko, P. / Stepankova, A. / Hasek, J. / Koval, T. / Ostergaard, L.H. / Fuglsang, C.C. / Dohnalek, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization of carbohydrate oxidase from Microdochium nivale.
著者: Duskova, J. / Dohnalek, J. / Skalova, T. / Ostergaard, L.H. / Fuglsang, C.C. / Kolenko, P. / Stepankova, A. / Hasek, J.
履歴
登録2011年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年2月22日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / entity
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_ec
改定 2.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,70914
ポリマ－52,4671
非ポリマー2,24213
水11,043613
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.040, 56.920, 86.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

ZN

21A-603-

ZN

31A-616-

HOH

41A-704-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carbohydrate oxidase


分子量: 52466.957 Da / 分子数: 1 / 断片: mature enzyme / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Microdochium nivale (菌類) / 株: NN008551 / 遺伝子: MnCO / プラスミド: pEJG33 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株 (発現宿主): JaL228 / 参照: UniProt: I1SB12*PLUS, hexose oxidase

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-ABL / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl beta-D-glucopyranoside / 5-amino-5-deoxy-cellobiono-1,5-lactam / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl beta-D-glucoside / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl D-glucoside / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl glucoside / 5-アミノ-5-デオキシセロビオノ-1,5-ラクタム


タイプ: D-saccharide / 分子量: 339.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H21NO10
識別子タイププログラム
5-amino-5-deoxy-cellobiono-1,5-lactamIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 623分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.01 M zinc sulfate, 0.1 M MES, 12% PEG550 MME , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418
検出器タイプ: Oxford Diffraction Atlas CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月5日 / 詳細: Enhance Ultra
放射モノクロメーター: multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. all: 33917 / Num. obs: 33917 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -100 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4312 / % possible all: 63.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0060精密化
CrysalisProデータ削減
Jana2006データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZR6

1zr6


解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / SU B: 2.542 / SU ML: 0.068 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 0 / ESU R: 0.17
立体化学のターゲット値: CCP4 6.1.3 stereochemistry library
詳細: STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT WERE PERFORMED USING FREE R FOR CROSS-VALIDATION THROUGHOUT: FREE R = 0.202 (FREE R = 0.284 FOR THE HIGHEST RESOLUTION SHELL) FROM A RANDOM TEST SET ...詳細: STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT WERE PERFORMED USING FREE R FOR CROSS-VALIDATION THROUGHOUT: FREE R = 0.202 (FREE R = 0.284 FOR THE HIGHEST RESOLUTION SHELL) FROM A RANDOM TEST SET COMPRISING 5% OF REFLECTIONS (1694 TOTAL). FINAL REFINEMENT WAS PERFORMED USING ALL REFLECTIONS.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.142 --
obs0.145 33917 90.11 %
all-33917 -
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å2-1.4 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3714 0 133 613 4460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4371.9745545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6985497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.79123.587184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.75415610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7081522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.173 1498 -
obs-1498 55.52 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る