PDB-3rir: Crystal Strucrture of Biotin Protein Ligase from S. aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rir

タイトル

Crystal Strucrture of Biotin Protein Ligase from S. aureus

要素

Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase

キーワード

LIGASE / Biotin protein ligase / Transcriptional repression / BCCP and DNA

機能・相同性

機能・相同性情報

SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Wilce, M.C.J.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Strucrture of Biotin Protein Ligase from S. aureus
著者: Pendini, N. / Yap, M. / Polyak, S. / Cowieson, N. / Daouda, T. / Booker, G. / Wallace, J. / Wilce, M.C.J.

履歴

登録	2011年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rir.cif.gz	143.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rir.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rir_validation.pdf.gz	746.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rir_full_validation.pdf.gz	756.1 KB	表示
XML形式データ	3rir_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	3rir_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3rir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3rir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wq7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3v7c-1 4ha8-1 3v8l-1 3v7r-1 3rky-1 4dq2-1 3v8k-1 6oru-1 3v7s-1 3rkw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase

ヘテロ分子

37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase

ヘテロ分子

A: Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.564, 93.564, 130.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase 分子量: 37186.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: ECT-R 2 / 遺伝子: ECTR2_1310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E5R5T0, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物	ChemComp-BT5 / BIOTINYL-5-AMP / ビオチニル5′-AMP タイプ: RNA linking / 分子量: 573.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈N₇O₉PS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.04 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→35 Å / Num. obs: 18098 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 35.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 7.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.2_432)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WQ7

1wq7

解像度: 2.6→19.925 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2852	920	5.08 %	RANDOM
R_work	0.2053	-	-	-
all	0.2088	-	-	-
obs	0.2091	17599	98.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.863 Å² / k_sol: 0.39 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.0346 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.0346 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.0691 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2602	0	38	30	2670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.021	2694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.997	3639
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.806	1029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.016	465

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.6002-2.7369	0.4099	125	0.3393	2326	95
2.7369-2.9079	0.3514	124	0.2695	2409	98
2.9079-3.1317	0.2963	144	0.2297	2425	99
3.1317-3.4454	0.3058	128	0.2166	2456	99
3.4454-3.9406	0.3269	144	0.2136	2457	99
3.9406-4.9521	0.253	118	0.1575	2532	100
4.9521-19.9252	0.2341	137	0.1946	2573	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0964	-0.0226	-0.1032	0.1289	0.1337	0.425	-0.0326	-0.0233	0.3232	-0.0207	0.0461	-0.4573	-0.072	-0.4919	-0.0693	0.2601	0.1426	0.0763	0.4361	0.093	0.4234	24.4423	24.4332	46.354
2	1.5351	0.5966	-0.6008	1.7215	0.2228	1.327	0.0801	0.0824	-0.0129	-0.0262	0.2013	0.0754	-0.1012	-0.1643	-0.2098	0.1141	0.0442	0.0468	0.2427	0.078	0.1875	40.7429	17.2902	21.4038
3	1.2455	-0.0909	-0.6162	0.8271	-0.866	1.4597	0.4218	0.3222	0.1199	-0.2997	-0.0844	-0.1801	-0.4802	-0.3469	-0.233	0.5573	-0.0436	0.0042	0.4743	0.0284	0.3268	50.0297	18.1731	0.6827

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	RESSEQ 2:62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	RESSEQ 69:261
3	X-RAY DIFFRACTION	3	RESSEQ 264:323

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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