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万見
- PDB-3riq: Siphovirus 9NA tailspike receptor binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3riq
タイトルSiphovirus 9NA tailspike receptor binding domain
要素Tailspike protein
キーワードVIRAL PROTEIN / right handed beta-helix / tailspike / endorhamnosidase / lipopolysaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Pectate Lyase C-like - #20 / P22 tailspike C-terminal domain / Salmonella phage P22 tail-spike / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Siphovirus 9NA
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Andres, D. / Roske, Y. / Doering, C. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Tail morphology controls DNA release in two Salmonella phages with one lipopolysaccharide receptor recognition system.
著者: Andres, D. / Roske, Y. / Doering, C. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S.
履歴
登録2011年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tailspike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4982
ポリマ－59,4061
非ポリマー921
水12,629701
1
A: Tailspike protein
ヘテロ分子

A: Tailspike protein
ヘテロ分子

A: Tailspike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,4956
ポリマ－178,2193
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area27910 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area49850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.132, 149.132, 149.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-765-

HOH

21A-767-

HOH

31A-773-

HOH

41A-818-

HOH

51A-833-

HOH

61A-957-

HOH

71A-964-

HOH

81A-1127-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tailspike protein


分子量: 59406.215 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal fragment, receptor binding domain, residues 131-673
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Siphovirus 9NA / プラスミド: pET 11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G8GV21*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 5000 MME, 0.1M BisTris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月23日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→33.3 Å / Num. obs: 87485 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Rsym value: 0.686 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VFM

2vfm


解像度: 1.5→33.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.332 / SU ML: 0.039 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1695 4372 5 %RANDOM
Rwork0.12773 ---
obs0.12984 83067 100 %-
all-87485 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.858 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4154 0 6 701 4861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224317
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.9375884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6185563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18424.874199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.50515700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4041520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4021.52712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15424388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.38631605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8184.51486
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.61134317
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 320 -
Rwork0.157 6089 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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