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- PDB-3rio: Crystal structure of GlcT CAT-PRDI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rio
タイトルCrystal structure of GlcT CAT-PRDI
要素PtsGHI operon antiterminator
キーワードTRANSCRIPTION / twisted beta sheet / four helix bundle / transcriptional antitermination
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription Regulation, Sacy; Chain A / CAT RNA-binding domain / PRD domain / PTS-regulatory domain, PRD / Transcription antiterminator, conserved site / CAT RNA-binding domain / CAT RNA-binding domain superfamily / CAT RNA binding domain / PRD domain signature. / CAT RNA binding domain ...Transcription Regulation, Sacy; Chain A / CAT RNA-binding domain / PRD domain / PTS-regulatory domain, PRD / Transcription antiterminator, conserved site / CAT RNA-binding domain / CAT RNA-binding domain superfamily / CAT RNA binding domain / PRD domain signature. / CAT RNA binding domain / PRD domain / PRD domain / PRD domain superfamily / PRD domain profile. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PtsGHI operon antiterminator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Himmel, S. / Grosse, C. / Wolff, S. / Becker, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure of the RBD-PRDI fragment of the antiterminator protein GlcT.
著者: Himmel, S. / Grosse, C. / Wolff, S. / Schwiegk, C. / Becker, S.
履歴
登録2011年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PtsGHI operon antiterminator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1917
ポリマ－20,6391
非ポリマー5536
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.755, 47.597, 126.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PtsGHI operon antiterminator / RNA-binding antitermination protein GlcT


分子量: 20638.682 Da / 分子数: 1
断片: Co-Antiterminator domain and Phosphoenolpyruvate - phoshphotransferase system domain 1, residues 1-170
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU13880, glcT, ykwA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31691
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Na formate, PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X10SA10.999
シンクロトロンSLS X10SA20.9792, 0.9794, 0.9715
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2010年11月27日Si(111) monochromator
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2010年11月27日Si(111) monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9991
20.97921
30.97941
40.97151
反射解像度: 1.99→63.39 Å / Num. all: 15190 / Num. obs: 15190 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 24.89 Å2
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 3.15 % / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.99→63.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8797 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 760 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.2118 15190 --
obs0.2118 15190 --
原子変位パラメータBiso mean: 29.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3241 Å20 Å20 Å2
2---15.735 Å20 Å2
3---13.4109 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.259 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→63.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1319 0 36 135 1490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011381HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.121857HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d486SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes40HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes194HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1381HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.51
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion182SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1743SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.13 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 140 5.48 %
Rwork0.21 2414 -
all0.2244 2554 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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