PDB-3rif: C. elegans glutamate-gated chloride channel (GluCl) in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rif

タイトル

C. elegans glutamate-gated chloride channel (GluCl) in complex with Fab, ivermectin and glutamate.

要素

(Mouse monoclonal Fab fragment, ...) x 2
Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

キーワード

transport protein/immune system / Membrane protein / transport protein / Cys-loop receptor / ligand-gated ion channel / neurotransmitter receptor / Ivermectin / Picrotoxin / Glycosylation / transport protein-immune system complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.345 Å

データ登録者

Hibbs, R.E. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Principles of activation and permeation in an anion-selective Cys-loop receptor.
著者: Hibbs, R.E. / Gouaux, E.

履歴

登録	2011年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月24日	Group: Refinement description
改定 1.3	2011年8月31日	Group: Source and taxonomy
改定 1.4	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.5	2017年8月23日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.6	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.7	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.8	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	3rhwSC 3ri5C 3riaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ri5-d 3rhw-d 3ria-d 2win-1 2win-2 4tnw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (6) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (6)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

B: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

C: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

D: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

E: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

F: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

G: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

H: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

I: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

J: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

K: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

L: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

M: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

N: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

O: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

ヘテロ分子

439 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.442, 155.442, 575.354
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 1:340 ) and (not element H)
2	1	1	chain B and (resseq 1:340 ) and (not element H)
3	1	1	chain C and (resseq 1:339 ) and (not element H)
4	1	1	chain D and (resseq 1:340 ) and (not element H)
5	1	1	chain E and (resseq 1:340 ) and (not element H)
1	1	2	chain F and (resseq 1:120 ) and (not element H)
2	1	2	chain G and (resseq 1:120 ) and (not element H)
3	1	2	chain H and (resseq 1:120 ) and (not element H)
4	1	2	chain I and (resseq 1:120 ) and (not element H)
5	1	2	chain J and (resseq 1:120 ) and (not element H)
1	1	3	chain K and (resseq 1:108 ) and (not element H)
2	1	3	chain L and (resseq 1:108 ) and (not element H)
3	1	3	chain M and (resseq 1:108 ) and (not element H)
4	1	3	chain N and (resseq 1:108 ) and (not element H)
5	1	3	chain O and (resseq 1:108 ) and (not element H)
1	1	4	A402
2	1	4	B403
3	1	4	D402
4	1	4	E402
5	1	4	A403

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha 分子量: 39636.629 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: glc-1, F11A5.10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O17793

-
抗体 , 2種, 10分子 FGHIJKLMNO

#2: 抗体	Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain 分子量: 23921.744 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA
#3: 抗体	Mouse monoclonal Fab fragment, light chain 分子量: 22618.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA

-
糖 , 2種, 6分子

#6: 糖

ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

#8: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 15分子

#4: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#5: 化合物	ChemComp-IVM / (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside / 22,23-DIHYDROAVERMECTIN B1A / IVERMECTIN 分子量: 875.093 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₈H₇₄O₁₄ / コメント: 抗寄生虫剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈
#10: 化合物	ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン分子量: 156.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₄

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.18 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 21-23% PEG 400, 50 mM sodium citrate pH 4.5, 70 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月4日詳細: Mirrors: bent cylinders, stripes of Pt, Rh and clear
放射	モノクロメーター: Cryo-cooled double Si(111) crystal monochromator. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.345→40 Å / Num. all: 102849 / Num. obs: 102849 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 3.345→3.47 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.982 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RHW

3rhw

解像度: 3.345→39.732 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	4790	5.01 %
R_work	0.248	-	-
obs	0.2492	95669	92.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 13.672 Å² / k_sol: 0.271 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.453 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.453 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.9061 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.345→39.732 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28503	0	517	0	29020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	29810
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.684	40701
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.766	10693
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	4769
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	5020

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2720	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2720	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
1	3	C	2710	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
1	4	D	2720	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
1	5	E	2720	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
2	1	F	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	G	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
2	3	H	941	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
2	4	I	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
2	5	J	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
3	1	K	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	L	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
3	3	M	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
3	4	N	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
3	5	O	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
4	1	A	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
4	3	C	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
4	4	D	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
4	5	E	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.345-3.383	0.4149	157	0.3889	2580	X-RAY DIFFRACTION	80
3.383-3.4227	0.3693	139	0.3755	2592	X-RAY DIFFRACTION	82
3.4227-3.4645	0.3939	152	0.3607	2711	X-RAY DIFFRACTION	84
3.4645-3.5083	0.4098	130	0.3393	2699	X-RAY DIFFRACTION	85
3.5083-3.5544	0.3514	150	0.334	2791	X-RAY DIFFRACTION	87
3.5544-3.6031	0.3289	140	0.3238	2803	X-RAY DIFFRACTION	87
3.6031-3.6545	0.3699	150	0.3129	2807	X-RAY DIFFRACTION	88
3.6545-3.709	0.3528	157	0.2999	2837	X-RAY DIFFRACTION	89
3.709-3.767	0.3112	138	0.2928	2869	X-RAY DIFFRACTION	89
3.767-3.8287	0.2975	160	0.2815	2914	X-RAY DIFFRACTION	90
3.8287-3.8946	0.2684	148	0.2708	2967	X-RAY DIFFRACTION	92
3.8946-3.9654	0.2936	169	0.2649	3015	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9654-4.0416	0.2981	176	0.2596	2971	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0416-4.124	0.2475	169	0.24	3041	X-RAY DIFFRACTION	95
4.124-4.2136	0.2723	168	0.235	3085	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2136-4.3115	0.2491	172	0.2219	3089	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3115-4.4192	0.2282	156	0.211	3088	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4192-4.5385	0.2302	164	0.2069	3106	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5385-4.6718	0.2255	157	0.1945	3186	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6718-4.8224	0.1953	135	0.1905	3179	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8224-4.9944	0.2306	180	0.1896	3163	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9944-5.194	0.2257	164	0.1993	3178	X-RAY DIFFRACTION	97
5.194-5.4298	0.2282	148	0.2101	3197	X-RAY DIFFRACTION	97
5.4298-5.7153	0.2701	166	0.2354	3174	X-RAY DIFFRACTION	97
5.7153-6.0722	0.2845	167	0.2334	3212	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0722-6.5391	0.247	158	0.245	3266	X-RAY DIFFRACTION	98
6.5391-7.1937	0.2659	168	0.2263	3254	X-RAY DIFFRACTION	98
7.1937-8.2266	0.2279	176	0.2095	3323	X-RAY DIFFRACTION	99
8.2266-10.3344	0.2147	205	0.1928	3341	X-RAY DIFFRACTION	99
10.3344-39.7343	0.3291	171	0.321	3441	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6948	0.2177	-0.1326	3.3094	-0.8998	1.035	0.0425	-0.0216	0.0707	0.1716	0.1151	0.2087	0.0092	-0.1167	-0	0.6184	-0.058	-0.023	0.7741	-0.0048	0.6485	-2.0867	74.3773	38.5146
2	0.9039	0.0688	-0.1356	2.408	-0.7331	0.9705	-0.0058	0.1695	-0.0339	-0.0636	0.149	-0.1014	0.1483	-0.0011	-0	0.7039	-0.0476	-0.0332	0.8189	-0.0995	0.6324	23.0383	71.8142	35.159
3	0.9702	-0.3623	0.242	2.7318	-0.9794	1.645	-0.0309	0.052	-0.0197	-0.0269	0.0946	-0.2062	0.093	0.11	-0	0.6317	-0.0433	-0.0205	0.771	-0.1559	0.7784	34.5688	81.1524	55.7242
4	1.179	0.4305	-0.1618	2.2097	-0.734	1.3526	0.0609	-0.1628	-0.0432	0.1605	0.0113	-0.1191	-0.0297	0.0361	-0	0.7966	-0.0301	-0.0228	0.7329	-0.1614	0.6672	16.7238	89.541	71.6727
5	1.1991	0.6742	-0.225	2.7317	-0.8138	1.3151	0.0698	-0.1226	0.1831	0.2079	0.0382	0.0976	-0.0771	-0.0901	0	0.6914	0.0381	0.0572	0.6874	-0.0842	0.7053	-6.0888	85.3451	61.1324
6	0.0701	0.0567	-0.0193	0.0327	-0.0521	0.0462	0.7801	0.0382	-0.4573	-0.3751	0.0337	-0.4287	0.3612	0.6115	0	0.656	0.0263	-0.0488	0.905	0.1681	0.6207	10.9012	92.504	21.3995
7	0.0365	0.0674	-0.013	0.0206	0.0191	0.0479	-0.1015	-0.2968	0.0185	0.226	-0.497	-1.0904	0.4197	0.5134	0	0.5705	-0.2071	0.0029	0.9993	0.2264	1.1243	34.6929	97.2235	33.0256
8	-0	-0.0171	0.0036	0.0429	0.004	-0.0101	-0.0033	-0.8619	-0.0304	0.5935	-0.1574	-0.421	-0.1115	0.2328	0	1.1973	-0.2483	0.0638	0.7624	-0.1278	0.7756	30.0508	108.9299	57.0242
9	0.0207	-0.0268	0.0675	0.0355	-0.0468	0.059	0.5165	0.0684	-0.4099	-0.1449	-0.4981	0.2087	0.4464	-0.4331	0	0.8082	-0.0949	0.1601	0.766	-0.2675	1.1634	3.1521	111.4922	60.1646
10	-0.0046	0.0105	-0.0067	0.0238	0.0055	0.025	0.2497	0.1813	-0.211	-0.1929	0.5286	0.0132	0.2777	-0.5071	-0	0.8658	0.0478	-0.1546	0.64	-0.0225	1.265	-8.6669	101.2041	38.2123
11	3.8946	0.1017	-0.8658	3.0006	-0.2151	1.6415	0.0622	0.789	-0.5466	-0.2939	0.112	-0.8307	0.2823	0.3619	0	0.9292	0.0812	0.0134	1.2002	-0.347	1.1592	52.9901	47.0867	33.2269
12	-0.0333	-0.3026	0.0093	-0.1864	0.1004	0.0169	-0.2539	0.2648	-0.0187	-0.211	-0.1528	-0.1229	-0.4747	0.4946	0	1.828	-0.0565	0.1154	2.019	-0.0591	1.8249	81.1397	37.3977	24.4225
13	4.1061	-0.3511	0.4515	2.8775	0.916	2.96	-0.1855	-0.2166	0.0156	0.0721	0.2503	-0.3529	-0.029	0.556	-0	0.7925	0.0926	-0.1212	0.9121	-0.1288	0.8382	54.7193	73.5686	87.4331
14	3.1594	-0.3255	-1.6295	2.5958	0.4439	3.3907	-0.1672	-0.5983	-0.2684	0.5667	0.0222	-0.3654	0.029	0.1529	-0	1.2556	0.0144	-0.2655	1.149	0.0248	1.1239	77.8904	71.172	111.5358
15	5.248	0.5006	-0.3277	1.2484	0.7295	2.6288	-0.0031	0.4233	-0.2463	-0.0923	-0.105	0.0681	0.0049	-0.1216	-0	0.691	-0.0003	-0.1188	0.6729	0.0027	0.644	-5.0076	42.0469	17.5726
16	3.2501	0.2671	0.0397	3.7688	0.1045	2.47	0.0443	0.6182	-0.5909	-0.2511	0.0894	-0.1098	0.2974	-0.2148	0	0.7895	-0.0842	-0.1599	1.0942	-0.2224	0.9542	-13.1123	20.3826	-7.2601
17	2.8599	-0.1998	0.6039	1.5611	0.8645	3.6688	0.1243	-0.5946	0.1191	0.3797	-0.1822	0.1855	-0.0284	-0.312	0	1.135	-0.2475	0.1515	1.114	-0.1893	0.8089	-1.1307	84.084	105.5189
18	0.9306	0.3516	-0.9153	1.2509	0.0856	1.307	-0.3476	-0.1642	-0.1717	0.0552	0.3512	-0.0447	-0.0949	-0.0906	-0	1.8971	-0.4475	0.1786	2.0447	-0.1667	1.2675	-10.4965	84.3342	137.8173
19	3.3081	0.0652	-0.6115	2.2238	0.5396	3.6355	0.0357	0.0924	0.0585	0.0733	0.0618	0.4217	0.0777	-0.4632	0	0.7709	-0.0757	0.1039	0.7255	0.0795	0.8586	-38.7207	64.2005	62.0681
20	1.0302	0.3647	-0.4978	2.6787	1.9734	2.0202	-0.304	0.04	-0.2994	0.1921	-0.2258	1.5391	0.3287	-0.088	-0	1.1702	0.0443	0.204	1.1303	0.0783	1.7407	-67.2166	50.0647	65.7255

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:401 )	A	1 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 1:401 )	B	1 - 401
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 1:401 )	C	1 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 1:401 )	D	1 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 1:401 )	E	1 - 401
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 402:402 )	A	402
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 403:403 )	B	403
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 402:402 )	D	402
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN E AND RESID 402:402 )	E	402
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 403:403 )	A	403
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN N AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:120 )	N	1 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN N AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:120 )	F	1 - 120
13	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN N AND RESID 113:185 ) OR ( CHAIN F AND RESID 126:214 )	N	113 - 185
14	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN N AND RESID 113:185 ) OR ( CHAIN F AND RESID 126:214 )	F	126 - 214
15	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN K AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN G AND RESID 1:120 )	K	1 - 108
16	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN K AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN G AND RESID 1:120 )	G	1 - 120
17	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN K AND RESID 113:210 ) OR ( CHAIN G AND RESID 126:221 )	K	113 - 210
18	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN K AND RESID 113:210 ) OR ( CHAIN G AND RESID 126:221 )	G	126 - 221
19	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:108 )	H	1 - 120
20	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:108 )	L	1 - 108
21	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN L AND RESID 113:210 )	H	126 - 221
22	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN L AND RESID 113:210 )	L	113 - 210
23	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN I AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN O AND RESID 1:108 )	I	1 - 120
24	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN I AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN O AND RESID 1:108 )	O	1 - 108
25	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN I AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN O AND RESID 113:208 )	I	126 - 221
26	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN I AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN O AND RESID 113:208 )	O	113 - 208
27	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN J AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN M AND RESID 1:108 )	J	1 - 120
28	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN J AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN M AND RESID 1:108 )	M	1 - 108
29	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN J AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN M AND RESID 113:210 )	J	126 - 221
30	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN J AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN M AND RESID 113:210 )	M	113 - 210

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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