PDB-3ri5: C. elegans glutamate-gated chloride channel (GluCl) in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ri5

タイトル

C. elegans glutamate-gated chloride channel (GluCl) in complex with Fab, ivermectin and picrotoxin

要素

(Mouse monoclonal Fab fragment, ...) x 2
Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

キーワード

transport protein/immune system / Membrane protein / transport protein / Cys-loop receptor / ligand-gated ion channel / neurotransmitter receptor / Ivermectin / Picrotoxin / Glycosylation / transport protein-immune system complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Hibbs, R.E. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Principles of activation and permeation in an anion-selective Cys-loop receptor.
著者: Hibbs, R.E. / Gouaux, E.

履歴

登録	2011年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.3	2011年11月9日	Group: Refinement description
改定 1.4	2017年8月23日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3ri5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/3ri5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3rhwSC 3riaC 3rifC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rif-d 3rhw-d 3ria-d 2win-1 4tnw-1 2win-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (4)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

B: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

C: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

D: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

E: Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha

F: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

G: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

H: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

I: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

J: Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain

K: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

L: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

M: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

N: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

O: Mouse monoclonal Fab fragment, light chain

ヘテロ分子

438 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.843, 154.843, 573.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 1:340 ) and (not element H)
2	1	1	chain B and (resseq 1:340 ) and (not element H)
3	1	1	chain C and (resseq 1:339 ) and (not element H)
4	1	1	chain D and (resseq 1:340 ) and (not element H)
5	1	1	chain E and (resseq 1:340 ) and (not element H)
1	1	2	chain F and (resseq 1:120 ) and (not element H)
2	1	2	chain G and (resseq 1:120 ) and (not element H)
3	1	2	chain H and (resseq 1:120 ) and (not element H)
4	1	2	chain I and (resseq 1:120 ) and (not element H)
5	1	2	chain J and (resseq 1:120 ) and (not element H)
1	1	3	chain K and (resseq 1:108 ) and (not element H)
2	1	3	chain L and (resseq 1:108 ) and (not element H)
3	1	3	chain M and (resseq 1:108 ) and (not element H)
4	1	3	chain N and (resseq 1:108 ) and (not element H)
5	1	3	chain O and (resseq 1:108 ) and (not element H)
1	1	4	B349
2	1	4	C350
3	1	4	D349
4	1	4	E349
5	1	4	A349

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Avermectin-sensitive glutamate-gated chloride channel GluCl alpha 分子量: 39636.629 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: glc-1, F11A5.10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O17793

-
抗体 , 2種, 10分子 FGHIJKLMNO

#2: 抗体	Mouse monoclonal Fab fragment, heavy chain 分子量: 23921.744 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA
#3: 抗体	Mouse monoclonal Fab fragment, light chain 分子量: 22618.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA

-
糖 , 2種, 6分子

#5: 糖

ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 11分子

#4: 化合物	ChemComp-IVM / (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside / 22,23-DIHYDROAVERMECTIN B1A / IVERMECTIN 分子量: 875.093 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₈H₇₄O₁₄ / コメント: 抗寄生虫剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈
#8: 化合物	ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン分子量: 156.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₄
#9: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物	ChemComp-RI5 / (1aR,2aR,3S,6R,6aS,8aS,8bR,9R)-2a-hydroxy-8b-methyl-9-(prop-1-en-2-yl)hexahydro-3,6-methano-1,5,7-trioxacyclopenta[ij]c yclopropa[a]azulene-4,8(3H)-dione / PICROTOXIN 分子量: 292.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆O₆ / コメント: 毒素*YM

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.15 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 21-23% PEG 400, 50 mM sodium citrate pH 4.5, 70 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月4日詳細: Mirrors: bent cylinders, stripes of Pt, Rh and clear
放射	モノクロメーター: Cryo-cooled double Si(111) crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 96197 / Num. obs: 96197 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RHW

3rhw

解像度: 3.4→49.83 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2476	4564	5.03 %
R_work	0.2318	-	-
obs	0.2326	90748	93.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.144 Å² / k_sol: 0.293 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.3006 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.3006 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.7805 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→49.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28679	0	488	0	29167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	29968
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.72	40931
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.767	10764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	4802
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	5043

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2716	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2716	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
1	3	C	2706	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
1	4	D	2716	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
1	5	E	2716	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
2	1	F	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	G	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	3	H	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
2	4	I	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
2	5	J	949	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
3	1	K	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	L	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
3	3	M	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
3	4	N	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
3	5	O	804	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
4	1	A	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
4	3	C	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
4	4	D	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
4	5	E	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.4361	0.3553	132	0.3497	2536	X-RAY DIFFRACTION	83
3.4361-3.4765	0.3244	130	0.3257	2535	X-RAY DIFFRACTION	84
3.4765-3.5189	0.2825	124	0.3024	2636	X-RAY DIFFRACTION	87
3.5189-3.5634	0.3302	133	0.3047	2605	X-RAY DIFFRACTION	87
3.5634-3.6103	0.3386	126	0.2971	2655	X-RAY DIFFRACTION	87
3.6103-3.6597	0.358	129	0.2785	2711	X-RAY DIFFRACTION	89
3.6597-3.712	0.2868	137	0.2776	2748	X-RAY DIFFRACTION	90
3.712-3.7674	0.2977	148	0.2686	2773	X-RAY DIFFRACTION	91
3.7674-3.8262	0.2543	138	0.2685	2751	X-RAY DIFFRACTION	91
3.8262-3.8889	0.2724	153	0.2565	2845	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8889-3.956	0.2669	155	0.2557	2814	X-RAY DIFFRACTION	93
3.956-4.0279	0.2818	156	0.2454	2843	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0279-4.1053	0.2626	154	0.2372	2896	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1053-4.1891	0.2283	151	0.2241	2936	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1891-4.2801	0.2493	155	0.2118	2893	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2801-4.3796	0.216	150	0.2008	2956	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3796-4.4891	0.1926	163	0.1911	2903	X-RAY DIFFRACTION	96
4.4891-4.6104	0.1878	173	0.1832	2978	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6104-4.7459	0.2035	148	0.1783	2989	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7459-4.899	0.1806	160	0.1709	2975	X-RAY DIFFRACTION	97
4.899-5.0739	0.2172	139	0.1864	3002	X-RAY DIFFRACTION	97
5.0739-5.2768	0.2021	162	0.194	2985	X-RAY DIFFRACTION	97
5.2768-5.5167	0.2494	179	0.2123	2996	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5167-5.8071	0.2858	171	0.235	2983	X-RAY DIFFRACTION	97
5.8071-6.1704	0.2773	163	0.2463	3013	X-RAY DIFFRACTION	97
6.1704-6.6458	0.2655	174	0.2373	3021	X-RAY DIFFRACTION	97
6.6458-7.3127	0.2404	159	0.2204	3056	X-RAY DIFFRACTION	97
7.3127-8.3665	0.2151	172	0.1955	3033	X-RAY DIFFRACTION	96
8.3665-10.5246	0.2068	170	0.1827	3019	X-RAY DIFFRACTION	94
10.5246-49.8352	0.2795	160	0.3099	3098	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0907	0.0724	-0.1472	0.8376	-0.2704	0.3235	-0.0147	0.0557	-0.004	0.1105	0.1563	0.0921	0.0257	-0.0915	-0.081	0.3926	-0.058	0.0033	0.3895	0.094	0.3929	-2.0455	74.1577	38.3631
2	0.3865	-0.1076	-0.0825	0.676	-0.3511	0.229	-0.0239	0.1555	0.0079	-0.0148	0.1917	-0.1137	0.0902	0.0113	-0.082	0.5266	-0.0535	0.0073	0.5205	-0.0554	0.4661	23.0735	71.575	34.9522
3	0.2374	-0.0292	0.0827	0.8891	-0.6027	0.6027	-0.0474	-0.0216	0.0598	-0.0179	0.1407	-0.0814	-0.0094	0.1136	-0.0344	0.4296	-0.0047	-0.0124	0.4315	-0.1022	0.5351	34.5757	80.9533	55.5555
4	0.549	0.0999	0.0554	0.3924	-0.6223	0.7284	0.1011	-0.1046	0.0945	0.019	0.0296	-0.0682	-0.0712	0.0161	-0.063	0.5611	-0.0004	0.0218	0.3423	-0.0894	0.4605	16.7143	89.349	71.5674
5	0.4346	0.1222	0.288	1.0912	-0.1887	0.5026	0.0037	-0.0928	0.1706	0.1518	0.0427	0.0042	-0.0309	-0.1283	-0.0357	0.4513	0.0732	0.1427	0.3766	0.0049	0.4644	-6.0683	85.12	61.0095
6	0.6579	-0.1641	-0.9762	0.8358	0.1525	1.5486	0.2331	-0.482	-0.4358	0.0428	0.1415	-0.246	-0.0433	0.4882	-0.1314	0.455	-0.1085	0.0504	0.8979	0.1431	0.5442	11.146	92.0764	21.3201
7	0.0082	0.0051	-0.0094	0.0046	0.0059	0.0325	0.4851	0.2117	0.5204	0.24	-0.1429	-0.7987	-0.03	0.669	0.0166	0.45	-0.1054	0.0049	1.0713	-0.071	0.7633	34.7635	96.8591	33.2959
8	1.4077	-0.9524	-0.5059	0.6734	0.3522	0.1917	0.0728	-0.1314	0.3088	-0.3635	-0.4778	0.8248	-0.2435	-0.0124	0.3388	1.4554	-0.2973	0.0893	0.5014	-0.1256	0.7344	29.7999	108.6223	57.0448
9	0.6287	0.3742	0.2838	1.3307	-0.7674	0.9148	0.0963	-0.1903	0.0199	0.1154	-0.314	0.3028	0.411	-0.1272	0.0717	1.0192	-0.2264	0.3092	0.7875	-0.2598	1.1766	2.9549	110.9491	60.0067
10	0.0637	0.08	0.0698	0.1136	0.0769	0.0807	0.2469	0.0376	0.3372	-0.3314	0.4295	0.5048	0.1323	-0.0238	-0.3005	0.5098	0.0174	-0.1261	0.8371	-0.011	1.2436	-8.5152	100.8464	37.8231
11	0.6209	0.7436	-0.8029	1.5214	-0.389	1.1503	-0.0535	0.5156	-0.3098	-0.0024	0.077	-0.6481	0.0374	0.1498	-0.1351	0.5505	0.0188	0.0702	0.8051	-0.3424	0.8533	52.9602	46.9678	32.9938
12	0.5065	-0.0713	0.1338	0.0425	0.0644	0.1613	0.0357	0.8348	-0.7173	-0.2745	-0.512	-0.3582	-0.0656	-0.6763	0.089	1.296	0.0941	0.1048	1.7406	-0.2864	1.4365	82.4189	36.976	23.6153
13	1.8096	-0.1745	1.0011	2.3339	0.6362	1.6937	-0.1967	-0.0508	-0.0492	0.0777	0.3817	-0.2376	-0.103	0.6323	-0.1656	0.5625	0.1495	-0.1195	0.8886	-0.2322	0.6229	54.6859	73.3205	87.271
14	2.1264	0.8484	-0.5481	0.4055	-0.6386	1.4476	-0.1935	-0.3086	-0.4341	0.0118	-0.074	-0.2744	-0.1042	-0.0244	0.1211	0.8796	0.0628	-0.2075	0.7793	-0.0418	0.8237	76.5983	71.4193	110.3253
15	2.9868	0.3834	-0.2149	0.8109	0.6778	1.926	0.1711	0.259	-0.158	0.0131	-0.133	0.0303	-0.1702	-0.1084	0.0009	0.4461	0.0063	-0.0865	0.4441	-0.0023	0.4417	-4.9029	41.8944	17.513
16	1.0269	0.2436	0.6103	2.0009	-0.3099	0.8464	0.0814	0.5552	-0.3462	-0.0736	0.1812	-0.1632	0.083	-0.1236	-0.1308	0.5668	-0.1045	-0.1431	0.8221	-0.28	0.6885	-13.0002	20.4536	-7.4319
17	1.3197	0.0191	-0.2536	0.301	0.7548	0.6615	0.2764	-0.4907	0.1418	0.1526	-0.1419	0.028	0.1413	0.0043	-0.0487	0.8898	-0.2288	0.1537	0.975	-0.2147	0.5354	-1.0575	83.8174	105.3723
18	0.2149	0.0044	-0.4929	0.5384	0.0512	0.2933	-0.5774	0.0113	-0.0262	-0.1919	0.7629	-0.0155	0.11	0.0814	-0.0869	1.1949	-0.3934	0.209	1.5286	-0.1677	0.6924	-10.6075	84.5614	138.3834
19	1.5947	0.2599	0.2379	0.4951	0.3186	1.597	0.0042	0.058	0.1737	0.0955	0.0463	0.1178	0.0469	-0.0786	-0.0143	0.5596	-0.0304	0.184	0.494	0.0822	0.6343	-38.574	63.9051	61.9458
20	0.3471	0.0621	-0.1142	1.1582	0.9272	2.0349	-0.1343	0.0707	-0.0698	0.11	-0.0659	0.8909	0.2142	-0.2626	0.1151	0.6635	0.1468	0.176	0.7584	0.169	1.0796	-68.3534	49.7655	65.5897

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:340 )	A	1 - 340
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 1:340 OR RESID 400:400 ) )	B	1 - 340
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 1:340 OR RESID 400:400 ) )	B	400
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 1:339 OR RESID 400:400 ) )	C	1 - 339
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 1:339 OR RESID 400:400 ) )	C	400
6	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 1:340 )	D	1 - 340
7	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND ( RESID 1:340 OR RESID 400:400 ) )	E	1 - 340
8	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND ( RESID 1:340 OR RESID 400:400 ) )	E	400
9	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 349:349 )	B	349
10	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 350:350 )	C	350
11	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 349:349 )	D	349
12	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN E AND RESID 349:349 )	E	349
13	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 349:349 )	A	349
14	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN N AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:120 )	N	1 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN N AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:120 )	F	1 - 120
16	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN N AND RESID 113:185 ) OR ( CHAIN F AND RESID 126:218 )	N	113 - 185
17	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN N AND RESID 113:185 ) OR ( CHAIN F AND RESID 126:218 )	F	126 - 218
18	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN K AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN G AND RESID 1:120 )	K	1 - 108
19	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN K AND RESID 1:108 ) OR ( CHAIN G AND RESID 1:120 )	G	1 - 120
20	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN K AND RESID 113:210 ) OR ( CHAIN G AND RESID 126:221 )	K	113 - 210
21	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN K AND RESID 113:210 ) OR ( CHAIN G AND RESID 126:221 )	G	126 - 221
22	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:108 )	H	1 - 120
23	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN L AND RESID 1:108 )	L	1 - 108
24	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN L AND RESID 113:210 )	H	126 - 221
25	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN L AND RESID 113:210 )	L	113 - 210
26	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN I AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN O AND RESID 1:108 )	I	1 - 120
27	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN I AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN O AND RESID 1:108 )	O	1 - 108
28	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN I AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN O AND RESID 113:208 )	I	126 - 221
29	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN I AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN O AND RESID 113:208 )	O	113 - 208
30	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN J AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN M AND RESID 1:108 )	J	1 - 120
31	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN J AND RESID 1:120 ) OR ( CHAIN M AND RESID 1:108 )	M	1 - 108
32	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN J AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN M AND RESID 113:210 )	J	126 - 221
33	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN J AND RESID 126:221 ) OR ( CHAIN M AND RESID 113:210 )	M	113 - 210

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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