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万見
- PDB-3rie: The structure of Plasmodium falciparum spermidine synthase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rie
タイトルThe structure of Plasmodium falciparum spermidine synthase in complex with 5'-methylthioadenosine and N-(3-aminopropyl)-trans-cyclohexane-1,4-diamine
要素Spermidine synthase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Rossmann-like fold / Rossmann Fold / spermidine synthesis / aminopropyl transferase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of polyamines / spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain ...Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / trans-N-(3-aminopropyl)cyclohexane-1,4-diamine / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Spermidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Williams, M. / Sprenger, J. / Persson, L. / Louw, A.I. / Birkholtz, L. / Al-Karadaghi, S.
引用ジャーナル: Malar J / 年: 2015
タイトル: A novel inhibitor of Plasmodium falciparum spermidine synthase: a twist in the tail.
著者: Burger, P.B. / Williams, M. / Sprenger, J. / Reeksting, S.B. / Botha, M. / Muller, I.B. / Joubert, F. / Birkholtz, L.M. / Louw, A.I.
履歴
登録2011年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42019年9月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms
改定 1.52023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine synthase
B: Spermidine synthase
C: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,59813
ポリマ－96,6633
非ポリマー1,93410
水11,115617
1
A: Spermidine synthase
ヘテロ分子

A: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5648
ポリマ－64,4422
非ポリマー1,1216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4750 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21980 Å2
手法PISA
2
B: Spermidine synthase
C: Spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8169
ポリマ－64,4422
非ポリマー1,3747
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.800, 134.590, 48.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-839-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Spermidine synthase


分子量: 32221.150 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 41-321 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PF11_0301 / プラスミド: p15-TEV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8II73, spermidine synthase

-
非ポリマー , 5種, 627分子

#2: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#3: 化合物 ChemComp-JFQ / trans-N-(3-aminopropyl)cyclohexane-1,4-diamine


分子量: 171.283 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H21N3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.6
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月10日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 98147 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 18.47
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0110精密化
CNS精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HTE

2hte


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 2.923 / SU ML: 0.084 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.178 ---
obs0.18 93239 97.8 %-
all-98147 --
Rfree---RANDOM
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.65 Å20 Å2-1.67 Å2
2---1.7 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6745 0 131 617 7493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 260 -
Rwork0.296 5053 -
obs--71.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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