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- PDB-3rgl: The crystal structure of glycyl-tRNA synthetase subunit alpha fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rgl
タイトルThe crystal structure of glycyl-tRNA synthetase subunit alpha from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC in complex with ATP and glycine
要素Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit
キーワードLIGASE / ALPHA/BETA PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


glycyl-tRNA aminoacylation / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Class II aaRS and biotin synthetases; domain 2 / Glycine-tRNA ligase, alpha subunit / Glycine-tRNA synthetase, heterodimeric / Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit / Heterodimeric glycyl-transfer RNA synthetases family profile. / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle ...Class II aaRS and biotin synthetases; domain 2 / Glycine-tRNA ligase, alpha subunit / Glycine-tRNA synthetase, heterodimeric / Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit / Heterodimeric glycyl-transfer RNA synthetases family profile. / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GLYCINE / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / Glycine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Tan, K. / Zhang, R. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of glycyl-tRNA synthetase subunit alpha from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC in complex with ATP and glycine.
著者: Tan, K. / Zhang, R. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit
B: Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7326
ポリマ－72,5082
非ポリマー1,2244
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.740, 112.740, 157.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit / Glycine--tRNA ligase alpha subunit / GlyRS


分子量: 36254.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0704, glyQ / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q9PPK3, glycine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 289 K / pH: 7
詳細: 0.1M BIS-TRIS PROPANE:NAOH, 0.7M MAGNESIUM FORMATE, 10% Glycine, 10% ATP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月24日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.448→42 Å / Num. obs: 27496 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.5 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RF1

3rf1


解像度: 2.45→41.51 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 1283 5.01 %
Rwork0.173 --
obs0.176 25633 93 %
all-25633 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.08 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.0048 Å2-0 Å2-0 Å2
2--8.0048 Å20 Å2
3----16.0096 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→41.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4698 0 76 13 4787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1556652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1071789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004857
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4482-2.54620.33381260.26082278X-RAY DIFFRACTION79
2.5462-2.66210.32431070.25022371X-RAY DIFFRACTION81
2.6621-2.80240.31751350.22392601X-RAY DIFFRACTION89
2.8024-2.97790.2581590.20562711X-RAY DIFFRACTION94
2.9779-3.20780.25341600.19212824X-RAY DIFFRACTION97
3.2078-3.53040.24351500.16672891X-RAY DIFFRACTION99
3.5304-4.04090.22411460.15532877X-RAY DIFFRACTION100
4.0409-5.08970.1821580.13792886X-RAY DIFFRACTION100
5.0897-41.51650.21831420.16882911X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.6397 Å / Origin y: 5.4596 Å / Origin z: 11.8428 Å
111213212223313233
T0.0543 Å20.0803 Å20.008 Å2-0.1217 Å2-0.0431 Å2--0.1251 Å2
L0.8131 °20.4063 °2-0.0318 °2-1.2382 °2-0.335 °2--2.4654 °2
S-0.0875 Å °0.0272 Å °0.0609 Å °0.0528 Å °0.1156 Å °0.0507 Å °-0.1513 Å °-0.1471 Å °0.004 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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