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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rgg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Treponema denticola PurE bound to AIR | ||||||
![]() | Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, PurE protein | ||||||
![]() | LYASE / Purine biosynthesis / Carboxylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / : / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mathews, I.I. / Starks, C.M. / Kappock, T.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Treponema denticola PurE Is a Bacterial AIR Carboxylase. 著者: Tranchimand, S. / Starks, C.M. / Mathews, I.I. / Hockings, S.C. / Kappock, T.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 258.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 212.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17261.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PurE, TDE_0687 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q73PV9, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase #2: 化合物 | ChemComp-AIR / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 14-16% (W/V) PEG 1000, 0.1 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M IMIDAZOLE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 111 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月21日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→37.1 Å / Num. all: 51257 / Num. obs: 51257 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.87 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3520 / Rsym value: 0.865 / % possible all: 92.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Native coordinate 解像度: 1.82→37.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 8.459 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.749 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→37.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.82→1.869 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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