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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rg5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mouse tRNA(Sec) | ||||||
![]() | tRNA(Sec) | ||||||
![]() | RNA / Metal binding by RNA / RNA hydration / structural flexibility / tRNASec / tRNA fold / translation / SerRS / SecS / PSTK | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION / : / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wahl, M.C. / Ganichkin, O.M. / Anedchenko, E.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure analysis reveals functional flexibility in the selenocysteine-specific tRNA from mouse. 著者: Ganichkin, O.M. / Anedchenko, E.A. / Wahl, M.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 27624.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by in vitro transcription / 由来: (合成) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1 M MES, pH 5.2, 10 mM magnesium acetate, 2.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 42189 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.807 / % possible all: 90.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: human tRNA(Sec) 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.988 / SU ML: 0.134 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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