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- PDB-3rfy: Crystal structure of arabidopsis thaliana cyclophilin 38 (ATCYP38) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rfy
タイトルCrystal structure of arabidopsis thaliana cyclophilin 38 (ATCYP38)
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38, chloroplastic
キーワードISOMERASE / CYCLOPHILIN / CYP38 / PEPTIDYL PROLYL ISOMERASE / PPIASE / TLP
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral root morphogenesis / thylakoid lumen / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / thylakoid / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast ...lateral root morphogenesis / thylakoid lumen / chloroplast thylakoid / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / thylakoid / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38-like, PsbQ-like domain / Oxygen-evolving enhancer protein 3 (PsbQ), four-helix up-down bundle / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, E. coli cyclophilin A-like / PsbQ-like domain superfamily / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...: / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38-like, PsbQ-like domain / Oxygen-evolving enhancer protein 3 (PsbQ), four-helix up-down bundle / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, E. coli cyclophilin A-like / PsbQ-like domain superfamily / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Vasudevan, D. / Swaminathan, K.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis cyclophilin38 reveals a previously uncharacterized immunophilin fold and a possible autoinhibitory mechanism.
著者: Vasudevan, D. / Fu, A. / Luan, S. / Swaminathan, K.
履歴
登録2011年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22013年10月16日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4191
ポリマ－40,4191
非ポリマー00
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38, chloroplastic

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8372
ポリマ－80,8372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area3490 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area41790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.690, 96.720, 166.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-682-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP38, chloroplastic / PPIase CYP38 / Rotamase CYP38 / Thylakoid lumen PPIase


分子量: 40418.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g01480, CYP38, F4P13.3 / プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9SSA5, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 6000, 2.5% T-BUTANOL, 100MM SODIUM CITRATE (PH 5.5), VAPOR BATCH, TEMPERATURE 293K, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9797, 0.9794, 0.9500
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月9日 / 詳細: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR SI(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97941
30.951
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 19441 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 43.4 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 19.21
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SnB位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.39→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 3188772.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 669 4.9 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 16411 86.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.63 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.49 Å20 Å20 Å2
2---3.78 Å20 Å2
3----2.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2765 0 0 114 2879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.17
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.242.5
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 90 5.2 %
Rwork0.344 1642 -
obs--55.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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