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万見
- PDB-3rf9: X-ray structure of RlmN from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rf9
タイトルX-ray structure of RlmN from Escherichia coli
要素Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N
キーワードOXIDOREDUCTASE / radical sam / S-adenosylmethionine / iron sulfur cluster / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase / tRNA (adenine(37)-C2)-methyltransferase activity / rRNA (adenine(2503)-C2-)-methyltransferase activity / tRNA methylation / rRNA base methylation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / rRNA binding / response to antibiotic / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Black beetle virus capsid protein - #60 / Black beetle virus capsid protein / : / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N-terminal domain / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase RlmN/Cfr / Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN / Methyltransferase (Class A) / DNA polymerase; domain 1 - #530 / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. ...Black beetle virus capsid protein - #60 / Black beetle virus capsid protein / : / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N-terminal domain / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase RlmN/Cfr / Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN / Methyltransferase (Class A) / DNA polymerase; domain 1 - #530 / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / DNA polymerase; domain 1 / Few Secondary Structures / Irregular / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Boal, A.K. / Grove, T.L. / McLaughlin, M.I. / Yennawar, N. / Booker, S.J. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Structural basis for methyl transfer by a radical SAM enzyme.
著者: Boal, A.K. / Grove, T.L. / McLaughlin, M.I. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2011年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4515
ポリマ－90,6302
非ポリマー8213
水6,593366
1
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7853
ポリマ－45,3151
非ポリマー4702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6662
ポリマ－45,3151
非ポリマー3521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.152, 80.406, 312.242
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-470-

HOH

21B-472-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N / 23S rRNA m2A2503 methyltransferase


分子量: 45314.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rlmN, yfgB, b2517, JW2501 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P36979, 23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 10% PEG 6000, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98, 1.65, 1.72
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
21.651
31.721
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 46430 / Num. obs: 43897 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 47.7 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.108 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.245.40.45320330.982192.3
2.24-2.2860.41921330.843196.4
2.28-2.326.50.39321300.838197.4
2.32-2.377.10.35321570.812199
2.37-2.427.40.30721510.811100
2.42-2.487.50.25721450.8441100
2.48-2.547.50.22621930.8451100
2.54-2.617.60.19721510.8461100
2.61-2.697.50.17521570.8951100
2.69-2.777.50.16321760.9691100
2.77-2.877.50.14121511.0411100
2.87-2.997.50.11821911.0681100
2.99-3.127.50.09821931.0721100
3.12-3.297.50.07921971.0871100
3.29-3.497.50.06221540.9411100
3.49-3.767.50.06422281.4741100
3.76-4.147.40.06421861.9721100
4.14-4.747.40.04722291.3911100
4.74-5.977.30.03922531.2181100
5.97-506.90.04923542.028199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 12.632 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2669 2333 5 %RANDOM
Rwork0.2133 ---
all0.2159 46430 --
obs0.2159 43562 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.92 Å2 / Biso mean: 35.4537 Å2 / Biso min: 10.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5593 0 24 366 5983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0121.977725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2555702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91123.829269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.929151054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6281554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.391.53510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74925687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.02132204
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8014.52014
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 176 -
Rwork0.264 3050 -
all-3226 -
obs--93.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3533-0.2831.06410.4158-0.2170.94560.0669-0.0278-0.0519-0.0596-0.00250.01340.0859-0.035-0.06440.05750.0452-0.0470.0704-0.04670.044526.959910.367299.1421
20.2267-0.1384-0.07181.13650.90420.8986-0.0349-0.0250.0070.07480.1095-0.00730.06120.1762-0.07460.09380.0668-0.04040.0945-0.05970.0427-3.578312.2396135.5623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B14 - 374
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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