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- PDB-3rew: Crystal structure of an lmp2a-derived peptide bound to human clas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rew
タイトルCrystal structure of an lmp2a-derived peptide bound to human class i mhc hla-a2
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Latent membrane protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC CLASS I / TUMOUR ANTIGEN TARGETING / HLA-A2 / EPSTEIN BARR VIRUS / ALLOREACTIVITY / GLYCOPROTEIN / IMMUNE RESPONSE / MHC I / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endomembrane system / viral latency / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding ...host cell endomembrane system / viral latency / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / host cell perinuclear region of cytoplasm / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses
類似検索 - 分子機能
Gammaherpesvirus latent membrane protein 2 / Gammaherpesvirus latent membrane protein (LMP2) protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like ...Gammaherpesvirus latent membrane protein 2 / Gammaherpesvirus latent membrane protein (LMP2) protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Latent membrane protein 2 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wood, A. / Mohammed, F. / Salim, M. / Tranter, A. / Rickinson, A.B. / Moss, P.A.H. / Stauss, H.J. / Steven, N.M. / Willcox, B.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural and energetic evidence for highly peptide-specific tumor antigen targeting via allo-MHC restriction.
著者: Simpson, A.A. / Mohammed, F. / Salim, M. / Tranter, A. / Rickinson, A.B. / Stauss, H.J. / Moss, P.A. / Steven, N.M. / Willcox, B.E.
履歴
登録2011年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_detector ...chem_comp / diffrn_detector / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.name / _diffrn_detector.detector ..._chem_comp.name / _diffrn_detector.detector / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / software
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Latent membrane protein 2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Latent membrane protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,33421
ポリマ－89,0176
非ポリマー1,31715
水7,927440
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Latent membrane protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,30311
ポリマ－44,5093
非ポリマー7948
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Latent membrane protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,03110
ポリマ－44,5093
非ポリマー5237
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.750, 141.440, 141.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: PGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Latent membrane protein 2 / Terminal protein


分子量: 906.165 Da / 分子数: 2 / Fragment: LATENT MEMBRANE PROTEIN 2 (unp residues 426-434) / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. COMMERCIAL SYNTHESIS.
由来: (合成) Human herpesvirus 4 (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P13285

-
非ポリマー , 4種, 455分子

#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% PEG 3350, 0.2M AMMONIUM IODIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979355
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979355 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 79598 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 5.803
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
CNS精密化
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1BD2

1bd2


解像度: 1.9→39.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 2.984 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 4014 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.209 79533 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6212 0 21 440 6673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0216291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.9238538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9965748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58522.827329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.93415980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4151557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.22759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.24237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2750.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3220.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0551.53782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7626016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.52332855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9574.52522
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 313 -
Rwork0.25 5478 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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